居家办公工资最低标准是否合法，需分情况讨论，核心取决于劳动合同约定、地方性法规以及企业规章制度是否合法合规。以下从不同角度展开分析：

1. 劳动合同约定优先

根据《劳动合同法》第三条、第十七条，工资标准属于劳动合同必备条款，双方应明确约定。若劳动合同中已约定居家办公期间的工资标准（如固定工资、绩效工资等），且该标准不低于当地最低工资标准，则合法有效。
例外情形：若劳动合同未明确约定居家办公工资，或约定模糊（如“按公司制度执行”），则需结合其他依据判断。

2. 地方性法规的特殊规定

部分地区可能出台居家办公工资支付专项规定。例如：

• 北京：2022年《关于做好疫情防控期间稳定劳动关系工作的通知》明确，企业安排员工居家办公的，应正常支付工资；若因经营困难需降薪，需与员工协商一致并签订书面协议。
  
• 上海：2022年《关于处理涉疫情劳动争议纠纷若干问题的解答》规定，居家办公期间工资标准不得低于本市最低工资标准（2023年为2690元/月）。
  结论：若地方性法规对居家办公工资有明确要求，企业需优先遵守，否则可能面临行政处罚或劳动仲裁败诉风险。

3. 企业规章制度的合法性

若企业通过民主程序（如职工代表大会讨论）制定居家办公工资制度，且内容不违反法律强制性规定（如最低工资标准），则具有法律效力。
关键点：

• 制度需向员工公示或告知；
  
• 不得单方面降低工资，需与员工协商一致（参考《劳动合同法》第三十五条）。

4. 最低工资标准的适用

居家办公期间，企业仍需遵守《最低工资规定》第十二条：

• 工资扣除社保、公积金等法定项目后，实际到手不得低于当地最低工资标准；
  
• 若企业以“居家办公效率低”为由降薪，需证明员工存在过错（如未完成工作任务），否则可能构成违法克扣工资。

实务建议

1. 员工：
   
   • 核对劳动合同、企业制度中关于居家办公工资的约定；
     
   • 保留工资条、考勤记录等证据，若工资被违法降低，可向劳动监察部门投诉或申请仲裁。
     
2. 企业：
   
   • 提前与员工书面协商居家办公工资标准；
     
   • 避免单方面降薪，确需调整时需经民主程序并留存证据。
     

如有具体案例或地方政策疑问，可进一步向我说明细节，我会结合实际情况为您分析。