合同无效但已履行完毕的情况下，处理方式需严格遵循相关法律法规，确保双方当事人的合法权益得到妥善处理。具体处理方式如下：
返还财产与折价补偿：
- 基本原则：根据《中华人民共和国民法典》第一百五十七条，合同被确认无效后，当事人应依据恢复原状的原则，将因合同取得的财产返还给对方。若财产能够原物返还，应直接交还原物，如房屋买卖合同无效后的房屋交还。
- 折价补偿：若财产已不存在、被消耗或无法原物返还，应按其实际价值或市场价值进行折价补偿。例如，在定制机器零部件的合同中，若零部件已被使用且无法返还，则应按其实际价值折价补偿给对方。
赔偿损失：
- 过错责任：合同无效若由一方过错导致，该方需赔偿对方因此产生的所有合理损失，包括直接损失（如运输费、装卸费等）和间接损失（如错失的可得利益机会，但需谨慎认定其确定性和可预见性）。
- 双方过错：若双方均有过错，则应根据各自的过错程度分担损失。例如，在合作合同中，双方均未充分审查对方资质和能力，导致合同违法而无效，双方应按过错大小分担损失。
追缴财产（特定情形）：
- 损害国家利益或社会公共利益：若合同无效是因损害了国家利益、集体利益或第三人利益，相关财产可能被追缴收归国有或返还给受损方。例如，恶意串通低价转让国有资产，合同无效后财产应依法收归国有。
特殊合同的法律后果：
- 对于特定类型的合同，如建设工程施工合同，即使合同无效，但若建设工程经竣工验收合格，承包人仍有权请求参照合同约定支付工程价款；若不合格，则按修复责任等相关规定处理。
在处理合同无效但已履行完毕的情况时，还需注意以下几点：
- 明确合同无效的原因：合同无效可能因欺诈、胁迫、违反法律法规的强制性规定等情形导致。明确无效原因是处理后续事宜的基础，有助于确定双方的责任和义务。
- 协商解决：双方应基于公平和诚实信用原则进行协商，通过签订协议妥善解决问题。协商解决可以节省时间和成本，避免不必要的法律纠纷。
- 诉讼或仲裁：若协商不成，可根据合同中的仲裁条款申请仲裁或向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。值得注意的是，即使合同无效，其中的独立争议解决条款（如仲裁条款）仍可能有效。
举例说明：
假设甲乙双方签订了一份房屋买卖合同，但后来发现该房屋属于违章建筑，合同因此被认定无效。此时，若房屋尚未过户且仍存在，甲应将房屋返还给乙，同时乙也应退还甲支付的房款。若房屋已被甲拆除或改造，无法原物返还，则甲应按房屋的实际价值或市场价值折价补偿给乙。此外，若因合同无效给乙造成了其他损失（如重新购房的差价损失），甲还需根据过错程度赔偿乙的相应损失。
最后建议：面对合同无效但已履行的情况，建议双方首先尝试友好协商，明确各自责任与义务，然后依据上述原则进行处理。若协商不成或情况复杂，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。