员工可以采取以下方式来反驳公司对三甲医院疾病证明的质疑：
强调三甲医院的权威性：
- 三甲医院作为国内医疗体系的最高等级，其诊断证明具有较高的权威性和公信力。员工可以指出，三甲医院的医生具备专业的医学知识和丰富的临床经验，其开具的疾病证明是基于详细的医学检查和诊断得出的，具有科学性和客观性。
提供完整的医疗记录：
- 员工可以主动提供与疾病证明相关的完整医疗记录，包括病历、检查报告、诊断书等。这些记录能够详细反映员工的病情、治疗过程和医生的诊断意见，从而增强疾病证明的可信度。公司如果质疑疾病证明的真实性，可以通过审查这些医疗记录来验证。
引用相关法律法规：
- 员工可以引用《工伤保险条例》等相关法律法规，说明在工伤认定过程中，医疗机构出具的疾病证明是重要的证据之一。根据法律规定，医疗机构（包括三甲医院）有权出具疾病证明，且该证明在工伤认定中具有法律效力。公司无权仅凭主观怀疑就否定三甲医院出具的疾病证明。
要求公司提出具体质疑点：
- 如果公司只是笼统地质疑疾病证明的真实性，员工可以要求公司提出具体的质疑点，比如对哪部分诊断有异议、认为哪些检查不必要等。然后，员工可以针对这些质疑点提供进一步的解释或证据，如医生的诊断依据、检查项目的必要性等，以消除公司的疑虑。
寻求法律援助或调解：
- 如果公司坚持质疑且无法达成共识，员工可以考虑寻求法律援助或调解。可以咨询专业律师，了解自己的权益和可能的法律途径。在律师的指导下，员工可以向劳动仲裁机构申请仲裁，要求公司认可三甲医院出具的疾病证明，并承担相应的法律责任。
在反驳过程中，员工还需要注意以下几点：
- 保持冷静和理性：面对公司的质疑，员工应保持冷静和理性，避免情绪化的回应。通过提供事实和证据来支持自己的观点，更有助于解决问题。
- 及时沟通：员工应与公司保持及时沟通，了解公司的具体质疑点和要求，以便有针对性地提供反驳证据和解释。
- 保护个人隐私：在提供医疗记录等敏感信息时，员工应注意保护个人隐私，避免泄露不必要的个人信息。
如果公司最终仍然不认可疾病证明，员工可以采取的法律后果包括：
- 申请劳动仲裁：员工可以向当地劳动仲裁机构申请仲裁，要求公司认可疾病证明并承担相应的法律责任。劳动仲裁机构将根据双方提供的证据和法律法规进行裁决。
- 提起诉讼：如果员工对劳动仲裁结果不满意，还可以向法院提起诉讼，通过司法程序来维护自己的合法权益。
总之，员工在面对公司对三甲医院疾病证明的质疑时，应积极提供反驳证据和解释，并寻求法律援助或调解以维护自己的合法权益。有问题可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律建议。