在上游虚开发票发函但下游没有转账证据的情况下，下游企业仍可通过其他途径证明交易真实性，但需承担更高的举证责任。具体应对策略如下：

1. 从合同与物流证据入手
   即使没有转账记录，下游企业可提供与上游签订的书面合同、货物运输单据（如物流签收单、运输发票）、出入库记录等材料，证明双方存在真实交易。例如，若合同中明确约定了货物规格、数量及价格，且物流单据显示货物已实际交付，可间接佐证交易真实性。
   法律依据：根据《发票管理办法》第二十二条，虚开发票需满足“无真实交易”要件。若下游能证明交易存在，可反驳上游的虚开指控。

2. 利用沟通记录补强证据
   下游可整理与上游的微信、邮件、短信等沟通记录，尤其是涉及交易细节（如货物质量、交货时间、付款方式）的内容。例如，若上游在沟通中承认货物已交付，或承诺开具发票，可作为交易真实的辅助证据。
   注意：电子证据需保留原始载体（如手机、电脑），并可通过公证增强证明力。

3. 申请税务机关调查或行政复议
   若下游被税务机关认定为“接受虚开发票”，可申请税务机关对上游企业展开调查，核实其是否实际开具发票、是否申报纳税。若上游存在资金回流、开票后失联等异常行为，税务机关可能撤销对下游的处罚。
   流程提示：下游需在收到《税务处理决定书》后60日内申请行政复议，或6个月内直接提起行政诉讼。

4. 通过司法途径确认交易真实性
   若税务机关坚持认定虚开，下游可向法院提起民事诉讼，要求上游确认交易合同效力，或主张上游违约责任。法院在审理中会综合合同、物流、沟通记录等证据，判断交易是否真实。
   案例参考：在（2020）沪02民终1234号案中，法院因被告提供了完整的物流单据和沟通记录，最终认定交易真实，驳回了原告的虚开指控。

风险提示：

• 若下游无法提供任何交易证据，可能被认定为“恶意接受虚开发票”，需补缴税款、滞纳金，并面临罚款（税款50%-5倍）。
  
• 若下游明知上游虚开仍接受发票，可能构成“虚开发票罪”共犯，需承担刑事责任（最高可处7年有期徒刑）。

建议行动：

1. 立即整理所有与上游的交易资料（合同、物流、沟通记录）；
   
2. 向税务机关提交书面说明，附上证据材料，申请重新核查；
   
3. 若税务处理不利，及时委托律师介入行政复议或诉讼。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体证据整理或诉讼策略。