员工仲裁赢了，公司上诉是否会赢并无确定答案，这取决于多个因素的综合考量。以下是我从不同角度为你进行的分析：
一、法律程序与证据基础
法律程序的独立性：仲裁和诉讼是两种不同的争议解决方式，各自遵循独立的程序和规则。仲裁裁决作出后，如果公司不服，可以在法定期限内向法院提起诉讼。法院的审理将基于新的诉讼程序进行，不受仲裁裁决的直接影响。
证据的重要性：
- 在仲裁阶段已经提交并经过质证的证据，在诉讼阶段仍然具有证明力。但诉讼阶段可能需要补充新的证据或重新组织证据链，以应对公司的上诉理由。
- 如果公司在上诉中提出了新的事实或证据，你需要准备相应的反驳证据。例如，如果公司声称有新的证人证言或书证，你需要评估这些新证据的真实性和关联性，并准备相应的质证意见。
二、上诉理由与应对策略
常见的上诉理由：
- 公司可能认为仲裁程序存在违法情形，如仲裁庭组成不合法、仲裁员有偏袒行为等。
- 公司也可能对仲裁裁决认定的事实或适用的法律提出异议。例如，公司可能认为仲裁委对某项劳动法规的理解有误，导致裁决不公。
应对策略：
- 针对公司的上诉理由，你需要仔细审查仲裁程序和裁决书，找出可能的瑕疵或错误。如果仲裁程序确实存在问题，你可以准备相应的证据和法律依据来支持你的观点。
- 准备充分的答辩材料，包括法律依据、事实陈述和证据支持。你可以强调仲裁裁决的合法性和合理性，以及公司上诉理由的不成立。
- 考虑聘请专业律师协助应对上诉，律师可以提供更专业的法律意见和诉讼策略，提高你胜诉的可能性。
三、影响胜诉的关键因素
案件事实的清晰度：
- 如果案件事实清楚、证据确凿，那么无论在哪个阶段，你都更有可能获得有利判决。例如，如果仲裁委已经明确认定了公司的违法行为，并且你有充分的证据支持这一认定，那么公司在上诉中翻案的可能性就较小。
- 反之，如果案件事实存在争议或证据不足，那么胜诉的难度就会增加。在这种情况下，你需要积极搜集新的证据或加强现有证据的证明力。
法律适用的准确性：
- 仲裁裁决和法院判决都需要准确适用法律条款。如果法律适用存在错误或争议，那么可能会影响最终的判决结果。例如，如果仲裁委错误地适用了某项劳动法规，导致裁决不公，那么公司在上诉中指出这一错误并请求法院纠正的可能性就较大。
- 你需要仔细研究相关法律法规，确保你的主张有充分的法律依据支持。
法官的自由裁量权：
- 在某些情况下，法官需要根据案件具体情况行使自由裁量权。例如，在赔偿金额的确定上，法官可能会根据双方的过错程度、经济损失情况等因素进行酌情判断。
- 法官的个人经验、法律素养和价值取向等因素都可能影响判决结果。因此，你需要了解法官的审判风格和倾向，以便更好地制定诉讼策略。
四、实际案例与启示
在实际案例中，有些员工在仲裁阶段获胜后，公司在上诉阶段提出了新的证据或理由，并成功翻案；而有些员工则成功维持了仲裁裁决的效力。这取决于双方证据的充分性、法律适用的准确性以及程序合法性等多个因素。
总结与建议：
保持冷静与理性：面对公司的上诉，你需要保持冷静和理性，不要过分恐慌或乐观。要认真分析公司的上诉理由和证据，制定相应的应对策略。
积极搜集证据：如果公司提出了新的证据或理由，你需要积极搜集反驳证据或加强现有证据的证明力。同时，也要关注公司可能存在的证据瑕疵或漏洞，以便在诉讼中加以利用。
寻求专业帮助：如果你对法律程序或证据规则不熟悉，或者担心自己无法有效应对公司的上诉，可以考虑聘请专业律师协助你处理诉讼事务。律师可以提供更专业的法律意见和诉讼策略，提高你胜诉的可能性。
关注诉讼进展：在诉讼过程中，你需要密切关注案件的进展情况，及时了解法院的审理动态和判决结果。如果法院作出了不利于你的判决，你可以在法定期限内提起上诉或申请再审等救济措施。
如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。