结论：不打招呼离职，用人单位扣工资是否合法需分情况讨论。一般情况下，用人单位不得因劳动者不打招呼离职而克扣其已提供劳动部分的工资；但若劳动者不打招呼离职给用人单位造成损失，用人单位可依法要求赔偿，并在符合条件时从工资中扣除部分赔偿金额。
工资支付的基本原则
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条和《中华人民共和国劳动合同法》第三十条的规定，用人单位应当按月以货币形式向劳动者支付工资，且不得克扣或无故拖欠。这明确了工资支付的基本原则，即劳动者提供劳动后，有权获得相应报酬。因此，即使劳动者不打招呼离职，用人单位也应支付其已提供劳动部分的工资。
可能影响工资支付的因素
经济损失赔偿：
- 若劳动者不打招呼离职给用人单位造成经济损失，根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位可要求劳动者赔偿经济损失，并从工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 举例：若劳动者因不打招呼离职导致用人单位项目延误，造成直接经济损失5000元，而劳动者当月工资为8000元，则用人单位最多可从工资中扣除1600元（8000元的20%）作为赔偿，剩余工资不得低于当地最低工资标准。
劳动合同或规章制度中的规定：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了不打招呼离职将扣发工资，并且这些规定合法有效（不违反法律法规的强制性规定），则用人单位在符合规定的前提下可能有权扣除部分工资。但这种情况较为少见，且需确保规定的合法性。
特殊情况的法律后果
- 劳动者自动离职：不打招呼离职属于违法行为，若因此给用人单位造成损失，劳动者应承担赔偿责任。但赔偿责任与工资支付是两个独立的问题，用人单位不得因劳动者需承担赔偿责任而拒绝支付其已提供劳动部分的工资。
- 用人单位拖欠工资：若用人单位以劳动者不打招呼离职为由拖欠或克扣工资，劳动者不仅可以提出离职，还有权要求支付赔偿金，并可依法申请支付令。
建议与总结
对于劳动者：
- 尽量避免不打招呼离职，以免给用人单位造成损失并引发不必要的法律纠纷。
- 若确需离职，应提前与用人单位沟通并办理离职手续，确保双方权益得到妥善保护。
- 若用人单位拖欠或克扣工资，可依法向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
对于用人单位：
- 完善劳动合同和公司规章制度，明确离职程序和赔偿责任等条款，以预防类似问题发生。
- 在劳动者不打招呼离职时，应依法要求赔偿并保留好相关证据，以便在需要时通过法律途径维护自己的权益。
- 不得因劳动者需承担赔偿责任而拒绝支付其已提供劳动部分的工资。
综上所述，不打招呼离职的劳动者仍有权获得其已提供劳动部分的工资，但需注意可能面临的工资扣减（仅限于因自身原因给用人单位造成损失且符合法律规定的情况）和其他法律后果。通过遵循相关法律法规和程序，可以最大程度地保障双方的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。