针对“生态环境处罚案件处罚款但未没收违法所得怎么办”的问题，首先需明确的是，生态环境处罚案件中，处罚款和没收违法所得是两种独立的处罚措施，它们各自有着不同的适用条件和法律依据。以下是对此问题的详细分析：

1. 区分处罚措施：

   • 处罚款：是对违法行为人的一种经济制裁，旨在通过金钱处罚来惩戒违法行为，并促使其改正。
   • 没收违法所得：是指对违法行为人通过违法行为所获得的非法利益进行剥夺，以消除其违法所得的经济利益。

2. 分析未没收违法所得的原因：

   • 可能是因为在调查过程中，未能准确查明违法所得的具体数额，或者违法所得已经转移、隐匿，导致无法没收。
   • 也可能是因为执法机关在作出处罚决定时，认为仅处罚款就足以达到惩戒目的，而未选择同时没收违法所得。

3. 处理建议：

   • 核实情况：首先，应核实违法所得的具体情况，包括数额、去向等，以确保后续处理的准确性。
   • 补充处罚：如果确实存在违法所得且未予没收，执法机关可以根据相关法律规定，对违法行为人补充作出没收违法所得的处罚决定。
   • 法律救济：如果执法机关认为无需没收违法所得，或者违法所得已经无法追回，但当事人认为这一处理不当，可以通过行政复议或行政诉讼等法律途径寻求救济。
   • 加强监管：为防止类似情况再次发生，应加强对生态环境违法行为的监管力度，提高执法效率和准确性。

4. 法律依据：

   • 《中华人民共和国行政处罚法》以及相关法律法规对处罚款和没收违法所得有明确规定，执法机关应依法行事。

综上所述，对于生态环境处罚案件中处罚款但未没收违法所得的情况，应首先区分两种处罚措施的性质和目的，然后分析未没收违法所得的具体原因，并根据实际情况采取相应的处理措施。如有需要，当事人可以依法寻求法律救济。