员工恶意仲裁，仲裁判决单位赢后，单位能起诉。不过，单位起诉针对的是仲裁裁决本身，而不是直接起诉员工要求赔偿。具体情况如下：

1. 恶意仲裁行为的界定：

   • 在法律层面，若员工存在恶意仲裁行为，如故意编造虚假事实（如虚构工作时长、无中生有地声称单位存在违法用工行为等），或滥用仲裁程序，反复就同一事项申请仲裁等，这些都属于恶意仲裁。

2. 单位的维权途径：

   • 单位对仲裁结果不服，可以在规定期限内向法院提起诉讼，请求确认仲裁请求不成立。这是单位维护自身合法权益的正当途径。

3. 起诉要点：

   • 起诉时，单位需要提供充分证据证明员工的恶意行为，如虚假事实的相关证明材料等，以确保诉讼成功。
   • 单位应遵循法律程序，不能采取违法手段对抗仲裁或诉讼。

4. 关于赔偿：

   • 若员工恶意仲裁给单位造成损失，单位不能直接通过起诉员工要求赔偿。但单位可以依据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的相关规定，主张员工存在故意侵害单位合法权益的行为，要求其承担侵权赔偿责任。不过，这需要单位提供充分证据证明员工主观上存在恶意、实施了恶意仲裁行为以及单位因此遭受的具体损失等。

综上所述，员工恶意仲裁时，单位有权向法院提起诉讼以维护自身权益，但需注意起诉的针对性和证据的充分性。若涉及赔偿问题，单位需依据相关法律规定另行主张。