在劳动争议案件中，主张公司支付工资差额确实可能受到时效抗辩，但具体是否受影响需根据实际情况判断。以下是对这一问题的详细解析：

1. 基本时效规定

   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动者主张工资差额（如最低工资差额、加班工资差额等）的仲裁时效期间为一年。这一时效从劳动者知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。例如，如果劳动者在某个月发现工资少发了，那么从该月起算一年内，劳动者需要向劳动争议调解仲裁机构申请仲裁，否则可能因超过时效而丧失胜诉权。
   • 若劳动者对劳动仲裁结果不服并提起诉讼，则适用民事诉讼时效规定，一般情况下为三年。但需注意，在劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，不受一年仲裁时效的限制；劳动关系终止后，则需在一年内提出仲裁申请，否则同样可能因超过时效而败诉。

2. 时效中断与中止

   • 时效中断：在仲裁时效期间内，如果劳动者向用人单位主张权利、向有关部门请求权利救济，或者用人单位同意履行义务，仲裁时效将中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。例如，劳动者在发现工资差额后，立即向用人单位提出异议并要求补发，或者向劳动监察部门投诉，这些都可能导致时效中断。
   • 时效中止：如果因不可抗力或其他正当理由（如劳动者患重大疾病无法行使权利），导致劳动者无法在仲裁时效期间内申请仲裁，仲裁时效将中止。从中止原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。

3. 特殊情况说明

   • 对于二倍工资差额（如未签订劳动合同的双倍工资差额），虽然与工资相关，但因其包含对用人单位未订立劳动合同的惩罚性责任，关于其二倍部分的诉讼时效起算和计算方式可能在实际操作中存在争议。不过，一般而言，也遵循一年的时效规定。

4. 法律建议

   • 劳动者在发现自己的工资存在差额时，应及时收集证据（如工资条、银行流水、考勤记录等），并在规定的时效期内向劳动争议调解仲裁机构申请仲裁。
   • 如果对仲裁结果不服，可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼，但同样需要注意诉讼时效的问题。
   • 用人单位也应遵守相关法律法规，确保按时足额支付劳动者工资，避免引发不必要的法律纠纷。

举例说明：假设劳动者小李在2023年1月发现公司未足额支付其2022年12月的工资，那么小李需要在2023年12月之前向劳动争议调解仲裁机构申请仲裁，要求公司支付工资差额。如果小李在2024年1月才提出仲裁申请，那么公司可能会以超过时效为由进行抗辩，导致小李丧失胜诉权。

综上所述，主张公司支付工资差额确实可能受到时效抗辩，但具体是否受影响需根据实际情况判断。劳动者在发现工资差额后，应及时采取行动，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。