结论：仲裁时效抗辩确实适用于申请二倍工资差额的起始时间，但具体起算点需结合实际情况和地区司法实践来确定。

分析说明：

1. 逐月计算时效：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。对于二倍工资差额，由于其属于惩罚性赔偿，且按月支付，因此仲裁时效应自每月应支付二倍工资之日起分别计算一年。
   • 实务操作：例如，员工A于2022年1月入职，单位未签订合同，A于2024年1月申请仲裁。那么，2022年2月至12月的二倍工资差额，每月的仲裁时效独立计算一年。即2022年2月的差额需在2023年2月底前主张，逾期则失效。

2. 最后履行期限届满之日：

   • 观点分歧：部分观点认为，二倍工资差额依附于未签合同的事实状态，应从违法行为终了之日（即应支付最后一笔差额的次月）起算整体时效。但这一观点存在争议，因为逐月计算更符合“按月支付劳动报酬”的法律属性。
   • 实务影响：若采用此观点，劳动者可能因等待整体时效到期而错过部分月份的差额主张权利。

3. 实际离职或解除劳动关系之日：

   • 适用条件：在劳动关系存续期间，若劳动者未主张权利，离职后一年内可以提起仲裁。部分法院认为，劳动者主张权利的前提是劳动关系终止，故以实际离职日作为时效起算点。
   • 局限性：然而，若劳动者长期在职却未及时维权，可能因超过逐月计算的时效而丧失部分诉求。

实务建议：

• 及时主张权利：发现未签合同后，劳动者应在每月工资支付周期内提出异议，并保留催告证据，以避免时效过期。
• 关注时效节点：优先按逐月计算方式主张二倍工资差额，避免因统一计算导致早期月份差额过期。
• 留存关键证据：包括工资条、考勤记录、工作沟通记录等，以证明劳动关系存续及未签合同的事实。
• 了解地区差异：不同地区的司法实践可能存在差异，如北京倾向逐月计算，广东部分支持整体起算。因此，劳动者在主张权利前应了解当地司法裁判口径。

总结：仲裁时效抗辩在申请二倍工资差额时确实适用，但具体起算点需根据每月应支付二倍工资的时间、劳动关系状态以及地区司法实践来确定。劳动者应及时行使权利，并留存关键证据以支持其主张。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。