这种情况是否合法需要分情况讨论：

1. 社保与个税缴纳主体不一致但存在合理关联的情形
   若两家公司存在关联关系（例如母子公司、总分机构），且个人所得税的申报符合实际用工关系（如其中一家公司为实际用工单位，另一家为代发工资或费用结算主体），同时社保缴纳单位与劳动合同签订主体一致，则可能符合法律规定。
   例如：员工与A公司签订劳动合同并由A公司缴纳社保，但因集团内部管理需要，工资由B公司（A的子公司）代发并申报个税。此时需满足：

   • 劳动合同、社保缴纳、实际用工关系均指向同一主体（A公司）；
     
   • B公司代发工资的行为有合法协议支撑（如集团内部委托代发协议）；
     
   • 个税申报时明确备注实际用工单位信息。
     

2. 社保与个税缴纳主体完全割裂且无合理依据的情形
   若两家公司无任何关联关系，或员工实际在A公司工作、由A公司缴纳社保，但个税却由B公司申报（且B公司未实际支付工资），则可能涉及违法行为，具体包括：

   • 逃避社保缴纳义务：若B公司通过虚构劳动关系为员工申报个税，但未缴纳对应社保，可能违反《社会保险法》第58条（用人单位需自用工之日起30日内为员工办理社保登记）；
     
   • 偷逃税款：若B公司通过拆分工资、虚假申报等方式减少个税缴纳，可能违反《税收征收管理法》第63条（偷税行为）；
     
   • 虚构劳动关系：若两家公司串通伪造用工记录，可能涉及《刑法》第266条（诈骗罪）或第201条（逃税罪）的刑事风险。
     

建议操作：

• 员工可要求两家公司出具书面说明，明确工资支付、社保缴纳、个税申报的实际主体及法律关系；
  
• 若发现存在违法情形，可向当地社保部门（12333）或税务机关（12366）举报；
  
• 若因该情形导致社保权益受损（如无法享受医保、养老待遇），可依法主张两家公司承担连带赔偿责任。
  

如有进一步细节（如两家公司关系、工资支付流程等），可随时补充说明，我会为您具体分析。