结论：合同中约定“如有纠纷就注明在甲方人民法院管辖”这一条款，在符合法律规定的情况下是有效的，但具体效力还需根据合同内容、双方协商情况以及相关法律规定来判断。
分析说明：
协议管辖的合法性：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。
- 这意味着，如果合同中的管辖约定符合上述法律规定，即选择了与争议有实际联系的地点的人民法院，且没有违反级别管辖和专属管辖的规定，那么该约定是有效的。
“甲方人民法院管辖”的效力：
- “甲方人民法院管辖”这一表述，如果甲方所在地是与争议有实际联系的地点，且该约定没有违反级别管辖和专属管辖的规定，那么该约定是有效的。
- 但如果甲方所在地与争议没有实际联系，或者该约定违反了级别管辖和专属管辖的规定，那么该约定可能是无效的。
实际操作中的注意事项：
- 在签订合同时，双方应明确约定管辖法院，并确保该约定符合法律规定。
- 如果合同中的管辖约定不明确或存在争议，可能会导致双方在纠纷发生时无法就管辖法院达成一致，从而增加诉讼成本和风险。
- 因此，建议在合同中明确、具体地约定管辖法院，并注明该法院与争议有实际联系。
法律建议：
- 在签订合同时，双方应充分协商并明确约定管辖法院，确保该约定符合法律规定且具体明确。
- 如果对管辖法院的约定存在疑问或不确定，可以咨询专业律师以获取法律意见。
- 在纠纷发生时，如果双方对管辖法院有争议，可以依据合同中的约定和相关法律规定向有管辖权的人民法院提起诉讼。
可能后果：
- 如果合同中的管辖约定有效，那么双方应按照约定向指定的人民法院提起诉讼。
- 如果合同中的管辖约定无效或存在争议，那么双方可能需要通过协商、调解或诉讼等方式解决管辖问题，这可能会增加诉讼成本和风险。
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