结论：在行刑反向衔接中，行政处罚已过时效的规定，一般是以违法行为发生之日起计算，而非以行政机关发现线索之日起计算。但具体是否已过时效，还需结合相关法律法规及案件具体情况进行判断。

详细分析：

1. 行政处罚时效的一般规定：

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条：“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。前款规定的期限，从违法行为发生之日起计算；违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。”
   • 这意味着，一般情况下，如果违法行为在二年内未被行政机关发现，则不再给予行政处罚。对于涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的违法行为，时效期限延长至五年。

2. 行政机关发现线索与行政处罚时效的关系：

   • 行政机关发现线索，并不等同于违法行为被发现。发现线索只是行政机关开始调查或注意到的可能存在违法行为的迹象，而真正的“发现”违法行为，通常指的是行政机关已经掌握了足够的证据来证明违法行为的存在。
   • 因此，行政机关发现线索的时间，并不直接决定行政处罚的时效是否已过。关键在于违法行为实际发生的时间，以及从该时间起算是否超过了法定的时效期限。

3. 行刑反向衔接中的特殊考虑：

   • 在行刑反向衔接中，即当刑事案件转化为行政案件处理时，行政处罚的时效问题同样需要遵循上述规定。
   • 如果刑事案件在调查过程中发现了行政违法行为，但该行为在刑事案件调查前已经发生，并且超过了行政处罚的时效期限，那么即使行政机关后来发现了该线索，也不能再对该违法行为给予行政处罚。

4. 实际操作中的建议：

   • 对于行政机关而言，在发现可能存在的违法行为线索时，应尽快进行调查核实，以确定违法行为是否实际发生以及发生的时间。
   • 如果发现违法行为已经超过时效期限，行政机关应依法不再给予行政处罚，但可以采取其他措施如教育、警告等（如果法律允许）。
   • 对于当事人而言，如果认为行政机关对其作出的行政处罚决定违反了时效规定，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。

总结与建议： 在行刑反向衔接中，行政处罚的时效问题是一个重要的法律考量因素。行政机关和当事人都应充分了解并遵守相关法律法规的规定，以确保行政处罚的合法性和公正性。如果您在具体案件中遇到相关问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。