非国有公司员工或相关人员收回扣款属于违法行为，公司应采取合法措施予以处理，涉及刑事犯罪的需及时报案。以下从不同角度详细分析：

一、从公司内部管理角度

1. 制度建设与预防 非国有公司虽不受《刑法》中“国有公司、企业、事业单位人员受贿罪”的直接约束，但可通过内部规章制度明确禁止收受回扣行为。例如，在《员工手册》《廉洁从业规范》中规定：员工不得利用职务便利索取或收受供应商、客户等交易相对方的财物（包括回扣、佣金、礼品等），否则视为严重违反公司制度，公司有权解除劳动合同且不支付经济补偿。

2. 调查与处理流程 若发现员工收回扣，公司应启动内部调查程序：

   • 证据收集：保留转账记录、聊天记录、证人证言等，证明员工与交易相对方存在利益输送；
   • 听证与陈述：给予员工申辩机会，避免程序瑕疵导致后续处理无效；
   • 处理决定：根据情节轻重，可采取警告、降薪、解除劳动合同等措施。若回扣金额较大（如超过当地盗窃罪入罪标准，通常为1000-3000元），可能涉及刑事犯罪，需移交司法机关。

二、从刑事法律风险角度

1. 非国家工作人员受贿罪 根据《刑法》第163条，非国有公司、企业的工作人员利用职务上的便利，索取他人财物或非法收受他人财物，为他人谋取利益，数额较大的（通常为6万元以上），构成非国家工作人员受贿罪，可处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；数额巨大（通常为100万元以上）或有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。

2. 对单位行贿罪（供应商角度） 若供应商为谋取不正当利益，给予非国有公司员工回扣，且数额较大（通常为10万元以上），可能构成对单位行贿罪，供应商及相关责任人需承担刑事责任。

三、从民事赔偿角度

1. 公司损失追偿 员工收回扣可能导致公司利益受损（如采购成本虚高、合同条款不利等），公司可依据《民法典》第1165条要求员工赔偿损失。例如，若员工收回扣10万元，导致公司多支付采购款20万元，公司可要求员工赔偿20万元及利息。

2. 合同效力问题 若回扣行为影响合同公平性（如供应商通过回扣获得订单），公司可依据《民法典》第147-151条主张撤销合同或调整合同条款，要求供应商返还多收款项或赔偿损失。

四、实务建议

1. 公司层面：

   • 定期开展廉洁培训，强化员工法律意识；
   • 与供应商签订《廉洁合作协议》，明确禁止回扣行为及违约责任；
   • 建立举报机制，对举报人保密并给予奖励。

2. 个人层面：

   • 若您是公司管理者，发现员工收回扣后，建议先咨询律师制定调查方案，避免证据灭失或程序违法；
   • 若您是员工，切勿抱有侥幸心理，回扣行为可能同时触犯公司制度与刑事法律，后果严重。

如有具体案件细节（如回扣金额、涉及人员、公司类型等），可进一步向我咨询，我会结合证据情况为您分析法律风险及应对策略。