结论：公司将羊水穿刺请假休息按事假处理是否违法，需根据具体情况判断，若该请假属于产检范畴且符合法律规定，则公司按事假处理违法；若不符合相关条件，则公司处理方式可能不违法。以下为详细分析：
一、若羊水穿刺请假属于产检范畴且符合法律规定
法律依据：
- 根据《女职工劳动保护特别规定》第六条，怀孕女职工在劳动时间内进行产前检查，所需时间计入劳动时间，即应视为正常出勤，单位不得按病假、事假、产假、旷工等处理。
分析说明：
- 羊水穿刺是一种产前诊断方法，通常用于检测胎儿是否存在染色体异常或遗传性疾病。若女职工因进行羊水穿刺而请假，且该请假属于产检的必要环节，那么根据法律规定，这段时间应计入劳动时间，公司不得按事假处理。
- 如果公司违反此规定，将羊水穿刺请假按事假处理，女职工有权向劳动监察部门投诉，要求公司纠正违法行为，并可能获得相应的赔偿。
二、若羊水穿刺请假不符合产检范畴或法律规定
可能情况：
- 若女职工进行羊水穿刺并非出于产检目的，或者该检查并非在劳动时间内进行，或者公司有合理理由认为该请假不属于产检范畴（如女职工未提供充分的医疗证明等），则公司可能有权按事假处理。
分析说明：
- 在这种情况下，公司按事假处理并不直接违反法律规定。但公司应确保处理方式的合理性和公平性，避免对女职工造成不必要的负担或歧视。
- 女职工若认为公司处理方式不当，可以与公司进行沟通协商，或者寻求劳动争议调解、仲裁等途径解决争议。
三、建议与注意事项
保留证据：
- 女职工在进行羊水穿刺前，应咨询医生并获取相关的医疗证明，以证明该检查属于产检的必要环节。
- 在请假时，应向公司说明请假原因，并提供医疗证明等必要材料。
与公司沟通：
- 若公司对羊水穿刺请假按事假处理，女职工应首先与公司进行沟通协商，明确请假性质和法律依据。
- 在沟通过程中，女职工可以引用相关法律规定，要求公司纠正违法行为。
寻求法律援助：
- 若沟通协商无果，女职工可以向当地劳动监察部门投诉，或者寻求劳动争议调解、仲裁等途径解决争议。
- 在必要时，女职工可以咨询专业律师，获取更详细的法律建议和帮助。
总结：公司将羊水穿刺请假休息按事假处理是否违法，需根据具体情况判断。若该请假属于产检范畴且符合法律规定，则公司按事假处理违法；若不符合相关条件，则公司处理方式可能不违法。女职工在遇到此类问题时，应保留好相关证据，与公司进行沟通协商，并在必要时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。