合同中约定逾期付款违约金不能超过固定数额，这样的约定在符合法律规定且双方意思表示真实的情况下是有效的。以下从多个角度进行详细分析：
一、约定有效性的法律基础
- 意思表示真实：合同双方在平等、自愿的基础上，经过充分协商一致达成关于逾期付款违约金不能超过固定数额的约定，且不存在欺诈、胁迫、重大误解等导致意思表示不真实的情形，这是确保约定有效性的基础。
- 不违反法律法规强制性规定：该约定不能违反国家法律、行政法规的强制性规定。例如，虽然法律未设定具体的违约金上限，但约定的违约金不得“过分高于”造成的损失，否则可能因显失公平而被法院或仲裁机构调整。不过，若双方明确约定了违约金上限，且该上限在合理范围内，则通常不会被认定为无效。
- 不违背公序良俗：约定的内容还需符合社会公共秩序和善良风俗，不能损害社会公共利益或他人合法权益。
二、约定执行与调整的可能性
- 按约定执行：若一方逾期付款，另一方可按照合同中的约定要求对方支付违约金，但违约金数额不得超过双方约定的固定数额。
- 调整约定：
- 违约金过高时：在诉讼或仲裁过程中，如果约定的违约金（即使未超过固定数额，但相对于实际损失而言）过高，违约方可以请求法院或仲裁机构予以适当减少。调整的依据包括违约方的过错程度、守约方的实际损失、合同的履行情况等因素。
- 违约金过低时：如果约定的违约金低于造成的实际损失，守约方可以请求法院或仲裁机构予以增加，但同样需要提供损失证据，且增加后的违约金数额仍可能受到双方约定固定数额的限制（如果该固定数额本身合理且不低于实际损失）。不过，在实务中，若固定数额明显低于实际损失，法院或仲裁机构可能会突破该固定数额的限制，以实际损失为基础进行调整。
三、特殊情形的处理
- 格式条款：如果逾期付款违约金不能超过固定数额的条款是以格式条款形式呈现，且提供格式条款一方不合理地免除或者减轻其责任、加重对方责任、限制对方主要权利，该条款可能无效。因此，在使用格式合同时应特别注意条款的公平性和合理性。
- 无民事行为能力人：若合同当事人一方或双方是无民事行为能力人，如不满八周岁的未成年人、不能辨认自己行为的成年人等，他们所签订的包含逾期付款违约金约定的合同是无效的，无论违约金是否超过固定数额。
四、实务建议
- 合理约定违约金数额：双方在签订合同时，应充分考虑逾期付款可能造成的实际损失，合理约定违约金数额及上限，以确保约定的合理性和合法性。
- 保留相关证据：在发生逾期付款争议时，双方应妥善保存相关证据，如合同文本、付款凭证、催款通知等，以便在诉讼或仲裁过程中证明自己的主张。
- 及时寻求法律帮助：如发生争议，应及时寻求法律帮助，通过诉讼或仲裁等方式维护自身权益。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份货物买卖合同，约定若乙未按时支付货款，需向甲支付违约金，且违约金不得超过货款总额的10%。后乙逾期付款，甲的实际损失为货款总额的8%。在此情况下，甲可以要求乙支付违约金，但违约金数额不得超过货款总额的10%。若乙认为违约金过高请求法院调整，法院可能会以实际损失8%为基础进行裁量，但通常不会突破双方约定的10%上限（除非该上限本身显失公平）。
综上所述，合同中约定逾期付款违约金不能超过固定数额在符合法律规定且双方意思表示真实的情况下是有效的。但具体执行时可能会因实际情况而由法院或仲裁机构进行适当调整。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。