结论前置：针对公司员工拿走公司预支的钱不退还的情况，公司可以通过协商、内部处理、法律途径等多种方式来解决。以下是对这一问题的详细分析：
一、协商与沟通
- 尝试友好协商：
- 公司可以首先尝试与员工进行友好协商，了解员工不退还预支款项的具体原因，看是否能够达成和解或分期退还的协议。
- 协商过程中，公司应保持冷静和理性，避免情绪化，同时明确表达公司的立场和要求。
二、内部处理
依据公司规章制度：
- 如果公司有明确的规章制度关于预支款项的管理和退还，公司可以依据这些规定对员工进行处理，如扣除工资、奖金或采取其他纪律处分措施。
- 在处理过程中，公司应确保遵循内部程序，保障员工的合法权益，避免违法处理。
劳动纪律处分：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工违反公司规章制度或劳动纪律的，公司有权给予相应的纪律处分。
- 如果员工不退还预支款项的行为被认定为严重违反公司规章制度或劳动纪律，公司可以依法解除劳动合同。
三、法律途径
提起民事诉讼：
- 如果协商和内部处理均无法解决问题，公司可以考虑向法院提起民事诉讼，要求员工退还预支的款项。
- 在提起诉讼前，公司应收集好相关证据，如预支款项的凭证、员工不退还的证据等，以确保诉讼的顺利进行。
申请劳动仲裁：
- 如果预支款项的问题与劳动合同或劳动关系紧密相关，公司也可以考虑向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 仲裁过程中，公司应提交充分的证据来支持自己的主张，并遵循仲裁程序的规定。
四、预防措施与建议
完善预支款项管理制度：
- 公司应建立完善的预支款项管理制度，明确预支的条件、程序、退还方式等，以减少类似纠纷的发生。
加强员工教育与培训：
- 公司应加强对员工的法律教育和培训，提高员工的法律意识和诚信意识，避免员工因个人原因而损害公司利益。
及时咨询专业律师：
- 在处理此类纠纷时，公司应及时咨询专业律师的意见和建议，以确保处理方式的合法性和有效性。
后续行动建议：公司应根据具体情况选择合适的处理方式，并优先考虑通过协商和内部处理来解决问题。如果问题无法得到妥善解决，再考虑通过法律途径来维护公司的合法权益。同时，公司也应加强内部管理，完善相关制度，以预防类似纠纷的再次发生。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。