公司可先通过协商、内部制度处理，协商不成可依据证据通过民事诉讼或劳动仲裁追讨员工未归还的往来款项。以下从不同角度详细分析：
款项性质认定
- 借款性质
- 如果公司转给员工的往来款项明确为借款，例如有员工签字的借款协议、借条，或者在转账备注中明确标注为“借款”等，那么公司与员工之间就形成了民间借贷法律关系。
- 在这种情况下，公司有权要求员工按照约定的时间和方式归还借款。如果员工不还，公司可以依据《民法典》中关于借款合同的相关规定，向法院提起民事诉讼，要求员工返还借款本金及可能的利息（如果约定了利息且利息符合法律规定）。
- 预支款项性质
- 若款项是员工因工作需要预支的，比如用于出差的差旅费等，此时双方的关系并非单纯的借贷关系，而是基于劳动关系产生的预支款项关系。
- 员工有义务在完成工作后，按照公司的财务制度进行报销结算，多退少补。如果员工不归还多余款项或者不按照规定进行报销结算，公司可以依据内部的财务管理制度和相关的劳动法律法规进行处理。一般情况下，公司可以先与员工沟通协商，要求其归还多余款项或完成报销手续；如果协商不成，公司可以按照内部规章制度对员工进行相应的处罚，如扣发工资（但扣发工资的数额不能超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准）等；如果问题仍然无法解决，公司可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁。
- 其他性质款项
- 如果款项的性质不明确，或者存在争议，公司需要收集相关证据来证明款项的实际用途和性质。例如，公司的财务记录、与员工的沟通记录（邮件、聊天记录等）、相关业务文件等，以确定双方之间的法律关系，进而采取相应的法律措施。
证据收集
- 书面证据
- 借款协议、借条、还款计划等书面文件是最直接的证据，能够明确双方的权利义务关系、借款金额、还款时间等重要信息。
- 公司的财务凭证，如转账记录、发票等，可以证明公司确实向员工支付了款项以及款项的金额和支付时间。
- 电子证据
- 邮件、短信、微信聊天记录等电子数据也可以作为证据使用。这些记录可以反映公司与员工之间关于款项的沟通情况，例如员工承认借款、承诺还款等内容。在收集电子证据时，要注意保存原始载体，确保证据的真实性和完整性。
- 证人证言
- 如果有其他员工知晓该款项的相关情况，他们的证人证言也可以作为辅助证据。但证人证言的证明力相对较弱，需要与其他证据相互印证。
追讨方式
- 协商解决
- 公司可以先与员工进行友好协商，了解员工不还款的原因，尝试达成还款协议。协商过程中，要注意保留相关的沟通记录，如书面协议、聊天记录等，以备后续使用。
- 内部处理
- 如果款项是基于劳动关系产生的，公司可以依据内部的规章制度对员工进行处理。例如，按照公司的财务管理制度，对员工进行警告、罚款、扣发工资等处罚；情节严重的，公司可以依据《劳动合同法》的规定，解除与员工的劳动合同。
- 民事诉讼
- 如果协商和内部处理都无法解决问题，公司可以向法院提起民事诉讼。在诉讼过程中，公司需要向法院提交上述收集的证据，证明员工与公司之间存在债权债务关系以及员工未履行还款义务的事实。法院会根据证据和法律规定进行审理，并作出判决。如果员工在判决生效后仍不履行还款义务，公司可以向法院申请强制执行。
- 劳动仲裁
- 如果款项的性质与劳动关系密切相关，且符合劳动仲裁的受理范围，公司可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁。劳动仲裁机构会依据相关的劳动法律法规进行裁决，裁决结果具有法律效力。如果员工不履行裁决结果，公司可以向法院申请强制执行。