结论：员工离职时公司若有合法债权（如员工欠款），一般不能直接扣工资，但可通过合法途径追偿。具体分析如下：

一、公司不能直接扣工资的法律依据

根据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得克扣劳动者工资，除非存在以下情形：

1. 法定代扣：如代扣个人所得税、社保个人缴纳部分、法院判决的抚养费/赡养费等；
2. 合同约定：需劳动者书面同意，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准；
3. 赔偿损失：因劳动者原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后工资不低于最低工资标准。

关键点：员工欠款若不属于上述法定或约定情形，公司直接扣工资属于违法行为。

二、公司追偿欠款的合法途径

若员工离职时存在未偿还的借款或欠款（如预支工资、培训费等），公司可通过以下方式追偿：

1. 协商解决：与员工协商还款计划，签订书面协议；
2. 劳动仲裁：若欠款属于劳动争议范畴（如未结清的借款、报销款等），可向劳动仲裁委员会申请仲裁；
3. 民事诉讼：若欠款属于普通民事纠纷（如个人借款），可直接向法院起诉，要求员工偿还欠款及利息（如有约定）。

示例：若员工离职时未归还公司垫付的培训费5000元，公司可要求员工签订还款协议，或通过劳动仲裁/诉讼追偿。

三、特殊情形：员工同意扣工资

若员工书面同意公司从工资中扣除欠款，需满足以下条件：

1. 扣除后工资不得低于当地最低工资标准；
2. 扣除比例每月不超过20%（若因员工原因造成损失）；
3. 扣除事项需明确写入劳动合同或补充协议。

风险提示：若公司未与员工达成书面协议，或扣除后工资低于最低标准，员工可向劳动监察部门投诉，公司可能面临罚款或赔偿。

四、操作建议

1. 完善制度：在劳动合同或规章制度中明确欠款处理流程，要求员工签字确认；
2. 留存证据：保存借款凭证、还款协议、员工签字确认的文件等；
3. 合法追偿：优先通过协商、仲裁或诉讼解决，避免直接扣工资引发劳动纠纷。

总结：公司不能直接扣工资抵偿员工欠款，但可通过合法途径追偿。建议公司完善内部制度，留存证据，并在必要时咨询专业律师，确保操作合规。如有进一步问题，可直接向我咨询。