结论：招标代理除代理费外是否可以额外收取标书费，需分情况讨论，主要取决于招标文件约定、地方性规定及费用性质是否合理合法。以下从不同角度展开分析：

1. 若招标文件明确约定标书费，且费用合理，通常可收取

根据《招标投标法实施条例》第十六条，招标人发售资格预审文件、招标文件收取的费用应当限于补偿印刷、邮寄的成本支出，不得以营利为目的。

• 合法性前提：若招标代理在招标文件中明确列明标书费（如印刷、邮寄成本），且费用金额合理（如实际成本为50元/份，收取50元），则属于合法收费。
  
• 实务操作：需在招标文件中清晰标注费用标准、用途及退还规则（如未中标是否退还），避免被认定为“变相收费”。

2. 若招标文件未约定标书费，或费用超出成本范围，则可能违法

• 禁止性规定：若招标代理未在招标文件中提前告知标书费，或在成本外额外加价（如成本50元却收取200元），可能违反《招标投标法》第十九条（“招标文件不得要求或者标明特定的生产供应者”）及第五十一条（“强制要求投标人组成联合体共同投标”等变相收费行为）。
  
• 风险后果：投标人可向行政监督部门投诉，招标代理可能面临警告、罚款，甚至影响后续代理资质。

3. 地方性规定可能影响收费合法性

部分地区对招标代理收费有细化规定，例如：

• 政府采购项目：根据《政府采购货物和服务招标投标管理办法》，采购代理机构不得向供应商收取投标保证金以外的其他费用（如标书费），除非地方财政部门另有规定。
  
• 建设工程招标：某些省份明确要求标书费需单独列支并接受审计，超标收费可能被认定为违规。
  建议：操作前需查询项目所在地招标投标监管部门的具体要求。

4. 实务建议：如何合法合规收取标书费？

1. 提前公示：在招标公告和招标文件中明确标书费标准、用途及支付方式。
   
2. 成本透明：保留印刷、邮寄等费用的发票或凭证，证明收费合理性。
   
3. 避免捆绑：不得将标书费与投标保证金、代理费等其他费用强制捆绑收取。
   
4. 退还规则：若标书费涉及可退还部分（如电子版标书无成本），需明确退还条件。

总结：招标代理能否收取标书费，核心在于是否符合“成本补偿”原则、是否提前公示、是否符合地方规定。若您遇到具体项目争议，可提供招标文件内容或地方政策，我会进一步为您分析合规性。