中标公司是否可以支付招标代理费，这个问题涉及多个方面，包括法律法规的规定、招标合同的约定以及行业惯例等。以下是对此问题的详细解答：
一、法律法规依据
《中华人民共和国招标投标法》：该法确立了招标投标活动的基本原则，虽然未直接规定招标代理费由谁支付，但为支付安排提供了法律框架，允许招标人和中标人通过约定来确定支付方式。
《招标代理服务收费管理暂行办法》及后续修改文件：最初规定招标代理服务费用由招标人支付，但后续修改为允许招标人、招标代理机构与投标人另有约定。这为中标人支付招标代理费提供了政策依据。
《政府采购代理机构管理暂行办法》：明确规定代理费用可以由中标、成交供应商支付，也可由采购人支付。若由中标、成交供应商支付，则供应商报价应当包含代理费用。
《合同法》第65条：规定了“第三人代为履行制度”，为招标人与招标代理机构约定招标代理费由中标人支付提供了法律依据。
二、招标合同约定
招标文件规定：招标人在编制招标文件时，可以明确规定招标代理费的支付方式、金额及时间等关键条款。如果规定由中标人支付，中标人在参与投标时就应知晓并接受这一条件。
委托代理合同约定：招标人与招标代理机构签订的委托代理合同中，也可能约定由中标人支付招标代理费。这种约定只要不违反法律法规的强制性规定，对各方当事人都具有约束力。
三、实际操作中的考虑
行业惯例：在某些行业或领域，由中标人支付招标代理费已成为通行做法，并被广泛接受和认可。
市场竞争：在市场竞争激烈的情况下，中标人可能为了获得中标机会，愿意承担招标代理费。这是中标人基于商业考虑和市场策略做出的选择。
四、注意事项
履行期限：中标人支付的招标代理费履行期限应在招标人与中标人签订书面合同后。若招标文件要求支付的时间点在签订书面合同前，甚至在发出中标通知书前要求支付，这是不合法的。
收费标准：招标代理服务收费实行市场调节价，双方应参考相关标准，并结合招标项目规模、工程等级、技术难易程度以及服务深度等确定代理服务费额度。
五、结论
综上所述，中标公司支付招标代理费在合法合规的前提下是被允许的，但具体是否由中标公司支付，需根据招标文件、委托代理合同以及相关法律法规的约定来确定。在实际操作中，应确保这些约定和规定符合法律法规的要求，以避免潜在的纠纷和风险。如果招标文件或委托代理合同中有明确约定由中标人支付招标代理费，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么中标人就有义务按照约定支付。