关于您提出的“公司让员工办理协助虚开发票，员工应负刑事责任吗”这一问题，这是一个涉及法律、公司管理和个人职业道德的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律责任概述
首先，需要明确的是，虚开发票（包括增值税专用发票和其他发票）的行为是违法的，并可能构成犯罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，无论是个人还是单位（即公司），一旦涉及虚开发票，都将依法追究相关责任人的刑事责任。
二、员工在虚开发票行为中的责任
普通员工：
- 如果您作为普通员工，明知是虚开发票的行为仍按照公司要求去实施，那么您将直接参与违法犯罪活动，可能被认定为从犯，并根据在犯罪中所起的作用承担相应的刑事责任。
- 如果您是受公司胁迫不得已参与，且能及时反映情况、提供证据协助调查，那么在量刑时可能会酌情从轻、减轻甚至免除处罚。
财务人员：
- 作为财务人员，您对税收法规和财务规范有更清晰的认知。若您配合公司进行虚开发票及账务处理，那么您的主观过错将更为明显。
- 除了承担刑事责任外，您还可能面临吊销会计从业资格证书等行政处罚。
直接负责的主管人员和其他直接责任人员：
- 如果您是公司的法定代表人、实际控制人、财务负责人等直接负责的主管人员，或者您是具体实施虚开发票行为的直接责任人员（如财务人员、办税人员等），那么您将承担主要责任，包括有期徒刑、拘役、罚金等刑罚。
三、责任认定的综合考虑因素
在司法实践中，对于责任的认定会综合考虑多方面因素，包括但不限于：
- 行为人在公司中的地位和职责；
- 参与虚开发票行为的程度；
- 是否存在胁迫情节；
- 所造成的后果等。
四、建议与总结
- 增强法律意识：无论是公司还是员工，都应严格遵守法律法规和职业道德规范，共同维护良好的税收环境和公平竞争的市场秩序。
- 拒绝违法违规行为：作为员工，如果您发现公司要求您参与虚开发票等违法违规行为，应坚决拒绝，并及时向相关部门反映情况。
- 加强内部管理：公司应建立健全内部控制机制，确保员工遵守法律法规和职业道德规范，避免类似违法行为的发生。
综上所述，公司让员工办理协助虚开发票的行为是违法的，员工是否应负刑事责任取决于其在行为中的角色、行为性质、主观过错程度及所造成的后果等因素。因此，我建议您和公司都应严格遵守法律法规，避免触碰法律红线。