以不填写离职申请为由不发工资是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：

1. 工资支付义务的独立性
   根据《中华人民共和国劳动法》第五十条和《工资支付暂行规定》第七条，用人单位必须按照劳动合同约定或国家规定，以货币形式按月支付劳动者工资，不得克扣或无故拖欠。这一义务与劳动者是否填写离职申请无直接关联，只要劳动者提供了正常劳动，用人单位就应当支付工资。

2. 离职申请的法律性质
   离职申请（或辞职信）是劳动者向用人单位表达解除劳动合同意愿的单方行为，属于形成权（即劳动者单方意思表示即可生效）。根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前30日（试用期提前3日）书面通知用人单位即可解除劳动合同，无需用人单位批准。因此，填写离职申请是程序性要求，而非工资支付的前提条件。

3. 用人单位的违法风险
   若用人单位以“未填写离职申请”为由拒发工资，可能面临以下法律后果：

   • 行政处罚：劳动行政部门可责令限期支付工资，逾期不支付的，加付赔偿金（《劳动合同法》第八十五条）；
     
   • 民事赔偿：劳动者可依据《劳动合同法》第三十八条以“未及时足额支付劳动报酬”为由解除劳动合同，并主张经济补偿金（工作满1年支付1个月工资）；
     
   • 信用风险：用人单位的违法行为可能被记入企业信用档案，影响后续经营。

4. 特殊情形处理
   若劳动者未履行提前通知义务（如急辞工），用人单位可依据规章制度或劳动合同约定扣除部分工资，但需满足以下条件：

   • 规章制度已通过民主程序制定并公示；
     
   • 扣除金额不超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准；
     
   • 扣除理由与劳动者未提前通知的损害直接相关（如紧急招聘成本）。
     但“未填写离职申请”本身不构成合法扣薪理由，用人单位仍需支付全额工资。

建议行动：
若你遇到此类情况，可先与用人单位协商要求支付工资；协商无果的，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。如有进一步疑问，欢迎直接向我咨询。