结论：三方协议签订前公司已注销的，原则上不能再以该公司名义盖章，否则可能因主体不适格导致协议无效；但若涉及债务承接、清算组授权等特殊情形，需结合具体证据判断协议效力。以下是详细分析：

一、公司注销后的法律地位

根据《公司法》第188条，公司完成清算、注销登记后，法人资格终止，即公司作为法律主体已消灭。此时：

1. 公章效力：公司注销后，其公章应由清算组收回或销毁（《公司登记管理条例》第45条），任何使用该公章的行为均无法律依据；
2. 合同主体：若协议中仍以已注销公司为签约方，因主体不存在，协议自始无效（《民法典》第143条关于民事法律行为有效要件的规定）。

二、特殊情形下的例外分析

若存在以下情况，可能影响协议效力：

1. 债务承接：
   若公司注销前已通过清算报告明确债务由股东或第三方承接，且协议内容与承接债务相关，则可能视为承接方对原债务的确认，此时协议对承接方有效（《公司法司法解释二》第20条）。
   示例：A公司注销前约定由股东B承接某笔债务，后B以A公司名义（盖原公章）与债权人签订还款协议，若债权人不知情且无恶意，协议可能对B有效。

2. 清算组授权：
   若公司注销过程中，清算组未完成全部清算事务（如未处理完毕的合同），且以清算组名义盖章或经清算组授权使用原公章，可能被认定为有效（《公司法》第184条关于清算组职权的规定）。
   关键点：需证明清算组存在且授权合法，否则仍可能因主体不适格被认定无效。

3. 表见代理：
   若相对方（如协议另一方）有合理理由相信盖章方有权代表公司（如原法定代表人持公章签约），且自身无过错，可能构成表见代理，协议对公司股东或清算义务人产生约束力（《民法典》第172条）。
   风险点：需相对方举证“善意且无过失”，否则难以成立。

三、实务建议

1. 签约前核查：
   签订三方协议前，务必通过国家企业信用信息公示系统查询公司状态，确认其是否已注销；若已注销，要求对方提供清算报告、债务承接协议等文件，明确权利义务主体。

2. 公章使用风险：
   若对方坚持使用已注销公司公章，需要求其出具书面说明（如“因历史原因使用原公章，实际签约方为XX”），并由有权主体（如股东、清算组）签字确认，降低协议无效风险。

3. 争议解决条款：
   在协议中明确约定争议解决方式（如仲裁或诉讼）及管辖地，避免因主体问题导致程序障碍。

总结：公司注销后原则上不能再以该公司名义盖章签约，否则协议可能无效；但若涉及债务承接、清算组授权或表见代理等特殊情形，需结合具体证据判断效力。建议签约前严格核查公司状态，并在协议中明确权利义务主体，避免法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。