结论：在三方协议上，如果一家公司已经盖了章但突然取消，不建议直接在原件上盖另外一个章。这种做法可能引发一系列法律问题和风险，下面我将从多个角度进行详细分析。
法律背景与风险分析：
协议效力问题：
- 三方协议是三方共同意思表示的体现，一旦一方盖章后取消，该协议在法律上可能被视为未成立或存在瑕疵。此时，若直接在原件上加盖另一个章，可能无法准确反映各方的真实意愿，导致协议效力存疑。
- 根据《民法典》的相关规定，合同的成立需要要约和承诺两个阶段，且双方意思表示需一致。在三方协议中，这一原则同样适用。若一方取消盖章，即表明其可能不再愿意受协议约束，此时直接加盖另一个章，可能无法构成有效的承诺。
证据效力问题：
- 协议原件是证明各方权利义务关系的重要证据。若直接在原件上修改或加盖新章，可能破坏证据的完整性和真实性，影响其在法律程序中的证明力。
- 在诉讼或仲裁中，证据的完整性和真实性是至关重要的。若协议原件被篡改或存在瑕疵，可能导致法院或仲裁机构无法采信该证据，从而影响案件的审理结果。
操作风险与合规性：
- 直接在原件上加盖新章可能违反公司内部的审批流程和合规要求。公司盖章通常需要经过一定的审批程序，以确保盖章行为的合法性和合规性。若未经审批直接加盖新章，可能构成违规操作，引发公司内部的法律纠纷。
- 此外，若加盖的新章并非公司合法有效的印章，还可能涉及伪造公司印章等违法行为，进一步加剧法律风险。
法律建议：
重新协商与签订：
- 若一方取消盖章后，各方仍希望达成协议，建议重新进行协商，并签订新的三方协议。新协议应明确各方的权利义务关系，并确保各方均在新协议上盖章确认。
补充协议或修正案：
- 若原协议部分内容仍需保留，但部分内容需要修改或补充，可以考虑签订补充协议或修正案。补充协议或修正案应明确修改或补充的内容，并确保各方均在其上盖章确认。
法律程序与证据保全：
- 在处理此类问题时，建议各方及时咨询专业律师，了解相关法律程序和证据保全措施。必要时，可以申请法院或仲裁机构对协议原件进行证据保全，以确保其完整性和真实性。
可能后果：
- 若直接在原件上加盖新章且未采取适当措施，可能导致协议无效或存在瑕疵，进而引发各方之间的法律纠纷。
- 在诉讼或仲裁中，若协议原件被篡改或存在瑕疵，可能影响案件的审理结果，导致各方承担不利的法律后果。
综上所述，不建议直接在三方协议的原件上盖另外一个章。若遇到此类情况，建议各方重新协商并签订新的协议或补充协议，以确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。