结论：班组工程款结清证明只跟一个人签，该协议是否有效需分情况讨论，不能一概而论。
分析：
协议主体适格性：
- 若该签字人系班组全体成员的合法代表，且得到了全体成员的明确授权（如书面授权书），那么其签署的结清证明在法律上可视为班组全体成员的意思表示，协议有效。
- 若签字人未经授权或授权不明确，仅代表其个人，那么该协议对班组其他成员不产生法律效力，可能引发后续纠纷。
协议内容合法性：
- 协议内容需真实反映工程款的结清情况，包括工程款总额、已支付金额、结清时间等关键信息。若协议内容存在虚假或误导性陈述，可能构成欺诈或虚假陈述，导致协议无效或可撤销。
- 协议不得违反法律法规的强制性规定，如不得存在恶意串通损害国家、集体或第三人利益的情况。
协议形式要件：
- 虽然结清证明不一定需要严格的书面形式，但为了确保其法律效力，建议采用书面形式并由双方签字或盖章确认。
- 若协议涉及较大金额或复杂情况，建议咨询专业律师，以确保协议形式要件完备，避免潜在法律风险。
建议：
- 明确授权：若需由代表签署结清证明，应确保代表得到全体成员的明确授权，并保留授权书作为证据。
- 核实内容：在签署前，应仔细核实协议内容，确保真实、准确、完整地反映工程款的结清情况。
- 咨询律师：对于涉及较大金额或复杂情况的结清证明，建议咨询专业律师，以确保协议的法律效力和可执行性。
可能后果：
- 若协议有效，则班组工程款已结清，双方无后续纠纷。
- 若协议无效或可撤销，则可能引发后续法律纠纷，如要求重新结算工程款、赔偿损失等。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。