结论：领导让科长写辞去科长申请这一行为是否合理，需结合具体情况分析，包括公司的规章制度、劳动合同的约定以及是否存在违法解除劳动合同的情形等。以下从不同角度进行详细分析：

1. 从公司规章制度和劳动合同的角度：

   • 如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了科长职位的任免程序，且该程序要求科长在特定情况下需主动提出辞职申请，那么领导让科长写辞去科长申请可能是符合公司规定的。但这种情况较为少见，因为通常职位的任免是由公司高层或人力资源部门根据公司的需要和员工的绩效来决定的。
   • 如果公司的规章制度或劳动合同中没有相关规定，领导单方面要求科长写辞去科长申请，则可能缺乏合法依据。科长有权拒绝这一不合理要求，并可以依据劳动合同和公司规章制度维护自己的合法权益。

2. 从违法解除劳动合同的角度：

   • 如果领导让科长写辞去科长申请，实际上是意图通过这种方式迫使科长离职，且没有合法的理由（如科长严重违反公司规章制度、不能胜任工作等），那么这种行为可能构成违法解除劳动合同。根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位违法解除劳动合同的，应当向劳动者支付赔偿金。
   • 科长在面对这种情况时，有权拒绝写辞职申请，并可以要求公司继续履行劳动合同或支付赔偿金。如果公司拒绝，科长可以向劳动仲裁机构申请仲裁，维护自己的合法权益。

3. 从实际操作和沟通的角度：

   • 在实际操作中，领导让科长写辞去科长申请可能是一种不恰当的沟通方式。即使公司确实需要调整科长职位，也应该通过正式的任免程序或协商一致的方式进行，而不是单方面要求科长写辞职申请。
   • 科长在面对这种情况时，可以与领导进行沟通，了解公司的真实意图和职位调整的原因。如果科长认为公司的决定不合理或存在违法情形，可以明确表达自己的立场，并寻求法律途径解决。

建议：

• 科长在面对领导要求写辞去科长申请时，应首先了解公司的规章制度和劳动合同的约定，明确自己的权利和义务。
• 如果认为公司的要求不合理或存在违法情形，可以拒绝写辞职申请，并与领导进行沟通协商。
• 如果沟通无果，可以向劳动仲裁机构申请仲裁或寻求其他法律途径维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果科长选择拒绝写辞职申请并维护自己的权益，可能会面临与公司的法律纠纷，但也有可能通过法律途径获得合理的赔偿或继续履行劳动合同。
• 如果科长选择妥协并写辞职申请，则可能失去原有的职位和相应的权益，且可能难以通过法律途径追回损失。

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