审批局以上级文件不予行政许可是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：
上级文件合法且内容明确具体：
- 如果上级文件是依法制定且内容明确具体的，审批局依据该文件不予行政许可，通常是合法的。因为行政机关在行使职权时，必须遵循上级机关的合法指令和规定。例如，若上级文件明确规定了某类项目的审批标准，而申请项目未达到该标准，审批局依据文件不予许可，即符合法律规定。
上级文件违法或内容模糊：
- 如果上级文件本身违法，或者内容模糊、不明确，审批局仅依据该文件不予行政许可，则可能不合法。因为行政机关的行政行为必须合法，且应基于明确、具体的法律依据。在此情况下，审批局应进一步审查申请事项，结合相关法律法规和实际情况作出判断，而不能仅依赖可能违法的上级文件。
审批局未履行审查义务：
- 即使上级文件合法且内容明确，审批局在不予行政许可时，也需确保已充分履行审查义务。这包括审查申请材料的完整性、真实性，以及申请事项是否符合法律法规和上级文件的规定。如果审批局未履行审查义务，仅凭上级文件即作出不予许可的决定，可能构成程序违法。
法律背景与建议：
- 法律背景：根据《中华人民共和国行政许可法》的相关规定，行政机关作出行政许可决定，应当遵循法定程序，确保申请人的合法权益得到保障。同时，行政机关应依法行使职权，不得超越或滥用职权。
- 建议：如果您认为审批局以上级文件为由不予行政许可的决定不合法，您可以先尝试与审批局沟通，了解其不予许可的具体理由和依据。如果沟通无果，您可以考虑通过行政复议或行政诉讼等法律途径维护自己的合法权益。在此过程中，建议您咨询专业律师，以便更好地了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果。
可能法律后果：
- 如果审批局的不予许可决定被认定为违法，您可能有权要求审批局撤销该决定，并重新作出行政许可决定。同时，您还可能有权要求审批局承担因违法行政行为给您造成的损失。
进一步思考：
- 在处理此类问题时，除了关注上级文件的合法性和内容明确性外，还应关注审批局的审查程序是否合法、是否充分履行了审查义务等。这些因素都可能影响不予许可决定的合法性。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。