核心结论需分情况讨论，具体以实际证据和双方协商结果为准，但通常以最后一份有效意思表示文件为准，同时需结合解除事由合法性判断：

1. 若两份文件内容无冲突，以最后签署/发出的文件为准
   若《解除合同通知书》和《离职申请》的核心意思一致（例如均载明“因个人原因解除劳动合同”或“因公司拖欠工资解除劳动合同”），且无相互矛盾的条款，则以时间在后的文件为准。例如：员工先发出《解除合同通知书》（载明“因公司未缴社保解除”），后提交《离职申请》（载明“因个人发展原因离职”），此时需结合具体证据判断真实解除原因，但形式上以最后提交的《离职申请》为准。
   法律依据：根据《民法典》第140条，行为人可以明示或默示作出意思表示，以最后一份有效意思表示为准。

2. 若两份文件内容冲突，需结合解除事由合法性判断

   • 若《解除合同通知书》载明合法解除事由（如公司拖欠工资、未缴社保等）：此时员工行使的是法定解除权，即使后续提交《离职申请》中未提及该事由，仍可能以《解除合同通知书》为准，员工有权主张经济补偿金。
     
   • 若《离职申请》载明“个人原因离职”：通常视为员工主动辞职，公司无需支付经济补偿金，即使此前发出过《解除合同通知书》，也可能因后续行为推翻前述意思表示。
     关键点：需结合两份文件的具体内容、发送时间、双方后续行为（如公司是否收到、是否回复）综合判断。

3. 实务建议：优先通过书面沟通明确解除性质

   • 若员工希望以公司违法为由解除合同并主张补偿，建议在《解除合同通知书》中明确载明解除事由及法律依据（如“根据《劳动合同法》第38条，因公司未及时足额支付劳动报酬，现通知解除劳动合同”），并保留送达证据（如EMS邮寄凭证、签收记录）。
     
   • 若员工仅想离职且不主张补偿，可直接提交《离职申请》，但需注意避免在文件中出现“因公司原因”等可能引发争议的表述。
     
   • 风险提示：若两份文件内容矛盾且无其他证据佐证，可能被认定为“协商一致解除”或“员工主动辞职”，导致无法主张经济补偿金。

总结：两份文件的效力需结合内容、时间、解除事由合法性综合判断，建议根据实际需求选择文件类型，并保留完整证据链。如有具体案件细节，可进一步向我说明，我会结合证据为您分析风险点。