在整村拆迁中，村民自治商讨的协议方案若不合法，其是否受时间限制的问题，需从多个角度进行分析：
协议合法性的审查时效：
- 一般来说，协议的合法性并不直接受一个固定时间限制的约束。协议的合法性主要取决于其内容是否违反法律法规的强制性规定，以及是否损害国家、集体或第三人的利益。如果协议在签订时即存在违法情形，那么该协议自始无效，不受时间推移的影响。
- 然而，如果协议在签订时看似合法，但后续因法律法规的变更或新情况的出现而变得不合法，那么协议的效力可能会受到影响。但这种情况下的“不合法”并非由时间直接导致，而是由法律法规的变更或新情况的出现所引发。
挑战协议合法性的时间因素：
- 虽然协议的合法性本身不受时间限制，但挑战协议合法性的权利（如提起诉讼或申请仲裁）可能受到诉讼时效或仲裁时效的限制。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
- 在拆迁协议的情境中，如果村民认为协议不合法并希望寻求法律救济，他们需要在法定的诉讼时效期间内提起诉讼或申请仲裁。否则，他们可能会丧失通过法律途径维护自己权益的机会。
协议无效的后果与时间：
- 如果协议被认定为无效，那么因该协议取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失；双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
- 协议无效的后果并不直接受时间限制的影响，但随着时间的推移，返还财产或赔偿损失的难度可能会增加。例如，如果拆迁已经完成多年，返还房屋或土地可能已不再可能，此时可能需要通过金钱补偿来解决问题。
法律建议：
- 如果村民认为拆迁协议不合法，他们应尽快咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及挑战协议合法性的可能途径和后果。
- 村民应在法定的诉讼时效期间内提起诉讼或申请仲裁，以避免丧失通过法律途径维护自己权益的机会。
- 在处理拆迁协议问题时，村民应保留好所有相关证据，如协议文本、会议记录、政府文件等，以便在需要时提供证明。
总结：在整村拆迁中，村民自治商讨的协议方案若不合法，其本身并不直接受时间限制的约束。但挑战协议合法性的权利可能受到诉讼时效或仲裁时效的限制。因此，村民应尽快咨询专业律师并采取行动，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。