结论：员工休息若被认定为违法（通常指违反公司规章制度或未按规定履行请假手续等），公司可依据内部规章制度及《劳动合同法》等相关法律法规进行处罚，但处罚措施必须合法合理，不能侵犯员工的合法权益。具体处罚方式需根据违规情节的严重程度、公司规章制度以及相关法律法规来确定。
分析说明：
公司规章制度：
- 公司通常会制定内部规章制度，明确员工的请假、休息等流程及违规处罚措施。若员工未按规定履行请假手续或违反公司关于休息的规定，公司可依据规章制度进行处罚。
- 处罚措施可能包括：警告、罚款、扣减奖金、降职降薪、解除劳动合同等。但需注意，处罚措施必须合法合理，不能过度严厉或侵犯员工权益。
《劳动合同法》及相关规定：
- 根据《劳动合同法》及相关法律法规，公司对员工进行处罚时，必须确保处罚的合法性、合理性和必要性。
- 合法性：处罚措施必须符合法律法规的规定，不能违反法律强制性规定。
- 合理性：处罚措施应与违规行为的性质、情节及后果相适应，不能过度严厉。
- 必要性：处罚措施应是为了维护公司正常秩序或纠正员工违规行为所必需的。
具体处罚情况：
- 轻微违规：如员工因疏忽未履行请假手续但情况不严重，公司可给予警告或口头提醒，并要求员工补办请假手续。
- 较严重违规：如员工多次违反休息规定或未经批准擅自离岗，公司可根据规章制度给予罚款、扣减奖金等处罚。
- 严重违规：如员工因违规休息给公司造成重大损失或严重影响公司正常运营，公司可考虑解除劳动合同，但需确保解除合同的合法性和合理性，并遵循相关法律法规规定的程序。
行动建议：
- 对于员工：应严格遵守公司规章制度，按规定履行请假手续，确保休息的合法性。如因特殊情况无法按时请假或休息，应及时与公司沟通并说明情况。
- 对于公司：应制定合法合理的规章制度，明确处罚措施及程序。在处罚员工时，应确保处罚的合法性、合理性和必要性，并遵循相关法律法规规定的程序。如员工对处罚有异议，公司应积极与员工沟通协商，寻求妥善解决方案。
法律后果提示：
- 若公司处罚措施违法或不合理，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 若员工因违规休息给公司造成损失，公司有权要求员工承担赔偿责任，但需确保赔偿请求的合法性和合理性。
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