双方签订合作协议成立有限公司的基础法律关系是合同关系与股权关系的结合。以下从这两个角度进行详细分析：
合同关系
合作协议的本质：
- 合作协议是双方或多方之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。在成立有限公司的情境下，合作协议详细规定了各方在公司设立、运营、管理、利润分配、风险承担等方面的权利和义务。
- 合作协议是公司章程的前置文件，它为公司章程的制定提供了基础框架和核心条款。公司章程则是对合作协议的细化和具体化，具有更强的法律约束力。
合同关系的法律特征：
- 合同关系具有相对性，即合同只对签订合同的各方具有约束力，对合同以外的第三人不产生直接的法律效力。
- 合同关系遵循意思自治原则，即合同的内容由当事人自行约定，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，就具有法律效力。
股权关系
股权的形成：
- 在有限公司成立后，各方根据合作协议的约定，按照出资比例或约定比例持有公司的股权。股权是股东对公司享有的一种综合性权利，包括财产权和管理权。
- 股权的形成标志着股东与公司之间建立了法律上的联系，股东成为公司的所有者之一，享有公司利润分配、剩余财产分配等权利，并承担公司债务的有限责任。
股权关系的法律特征：
- 股权关系具有平等性，即所有股东在公司中的地位是平等的，无论其出资多少或持股比例如何，都享有相同的股东权利。
- 股权关系具有可转让性，即股东可以依法将其持有的股权转让给他人，从而实现股权的流动和资源的优化配置。
实际应用中的注意事项
- 合作协议的完善性：为了确保合作协议的法律效力和可操作性，各方在签订合作协议时应尽可能详细、明确地规定各方的权利和义务，避免模糊和歧义。
- 公司章程的制定：公司章程是公司的“宪法”，它规定了公司的基本制度和运营规则。因此，在公司成立后，各方应根据合作协议的约定，及时制定和完善公司章程。
- 股权转让的合规性：在股权转让过程中，各方应遵守相关法律法规的规定，确保股权转让的合法性和有效性。同时，股权转让也可能涉及税务、工商变更登记等程序性问题，需要妥善处理。
在实际操作中，如果双方对合作协议或股权关系有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以确保自身权益得到充分保障。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。