医生按治疗抽成发工资是否合法，需分情况讨论：

1. 若医生与医疗机构构成劳动关系：

   • 不合法情形：根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》以及《关于确立劳动关系有关事项的通知》等相关规定，劳动者的工资通常应由基本工资、绩效工资（如有）、奖金等构成，且工资支付应遵循按劳分配原则，不得以治疗抽成作为工资的唯一或主要支付方式。若医疗机构将医生的工资完全或主要与治疗抽成挂钩，可能违反了工资支付的相关规定，侵犯了劳动者的合法权益。
   • 合法情形：如果医疗机构在保障医生基本工资的前提下，将治疗抽成作为绩效工资或奖金的一部分，且该抽成比例合理、透明，不违反法律法规的强制性规定，也不损害医生的合法权益，那么这种支付方式在一定程度上是可以被接受的。但需注意，绩效工资或奖金的支付也应遵循公平、公正、公开的原则，不得存在歧视性或不合理的规定。

2. 若医生与医疗机构构成劳务关系或其他合作关系：

   • 可能合法：在劳务关系或合作关系中，双方的权利义务通常由合同约定。如果双方在合同中明确约定了按治疗抽成支付报酬的方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，也不损害社会公共利益和第三方的合法权益，那么这种支付方式是合法的。但医生在签订此类合同时，应仔细阅读合同条款，确保自己的权益得到充分保障。

法律建议：

• 对于医生：在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资支付的部分，确保自己的权益得到充分保障。如果发现医疗机构存在违法支付工资的行为，应及时向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
• 对于医疗机构：应遵守国家关于工资支付的相关规定，确保医生的工资支付合法、合理、透明。同时，也应加强内部管理，建立完善的工资支付制度，避免引发劳动纠纷。

可能后果：

• 如果医疗机构违法支付工资，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令改正、罚款等。同时，医生也有权要求医疗机构支付拖欠的工资、经济补偿金等，并可能通过法律途径维护自己的合法权益。

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