结论：身体原因暂停工作，工资是否扣除需视具体情况而定，并非绝对合法或非法。以下从不同角度为你详细分析：
一、医疗期内的工资支付
法律规定：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，企业应根据职工实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予一定的医疗期。
- 在医疗期内，企业不得解除劳动合同，且应按照规定支付病假工资或疾病救济费。
工资支付标准：
- 病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。
- 具体支付标准可能因地区和企业政策而异，但应确保不低于法定最低标准。
合法性分析：
- 如果企业在医疗期内按照法律规定支付了病假工资或疾病救济费，那么扣除工资（实际为支付较低标准的工资）是合法的。
- 如果企业未支付或支付低于法定标准，则构成违法，职工有权要求企业补足差额。
二、医疗期外的工资支付
法律规定：
- 医疗期满后，职工仍不能从事原工作也不能从事由用人单位另行安排的工作的，用人单位可以解除劳动合同。
- 在解除劳动合同前，如果职工继续请假或无法工作，企业可能不再支付工资或支付较低标准的工资（如生活费）。
工资支付情况：
- 医疗期外，企业是否支付工资以及支付多少，可能取决于劳动合同、企业规章制度以及地方性法规的规定。
- 一般来说，如果职工无法提供劳动，企业可能不再支付全额工资，但应确保职工的基本生活需求。
合法性分析：
- 如果企业按照劳动合同、企业规章制度或地方性法规的规定支付了工资（或生活费），那么扣除工资（或支付较低标准的工资）可能是合法的。
- 如果企业未支付或支付不合理，则可能构成违法，职工有权要求企业支付合理的工资或生活费。
三、特殊情况下的工资支付
工伤或职业病：
- 如果职工因工伤或职业病需要暂停工作接受治疗，根据《工伤保险条例》的规定，职工在停工留薪期内原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
- 在这种情况下，企业不得扣除工资。
其他特殊情况：
- 如职工因参加社会活动、履行地方人民政府规定的职责等需要暂停工作，企业也应按照规定支付工资。
四、建议与行动
了解自身权益：
- 职工应了解自己的医疗期、病假工资支付标准以及相关法律法规的规定，以便在需要时维护自己的合法权益。
与企业沟通：
- 如果职工因身体原因需要暂停工作，应及时与企业沟通，了解企业的工资支付政策，并确保企业按照法律规定支付工资。
寻求法律援助：
- 如果职工认为企业的工资支付行为违法，可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
总结：身体原因暂停工作，工资是否扣除需根据具体情况判断。在医疗期内，企业应按照法律规定支付病假工资或疾病救济费；在医疗期外，企业可能不再支付全额工资，但应确保职工的基本生活需求。如果职工因工伤或职业病需要暂停工作接受治疗，企业在停工留薪期内应支付原工资福利待遇。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。