在副班造成重大交通事故的情况下，主班可能需要承担部分或全部剩余费用（如保险公司赔付不足的9万余元），主要基于以下法律逻辑和事实依据：

1. 责任划分与过错认定
   根据《民法典》第1209条，若主班对事故发生存在过错（如未尽到管理、监督义务，或车辆存在安全隐患未及时排除），则需与副班承担连带责任。例如：

   • 主班作为车辆实际控制人，未对副班驾驶资格进行审查（如副班无证驾驶）；
     
   • 主班明知副班存在疲劳驾驶、酒驾等违法行为仍允许其驾驶；
     
   • 车辆存在制动失灵等缺陷，主班未履行维修义务。
     若主班无过错，则无需承担责任，但需由副班或保险公司赔偿。

2. 保险合同条款限制
   保险公司赔付9万余元后拒绝覆盖剩余费用，可能因以下原因：

   • 保险额度不足：若主班购买的第三者责任险保额仅为9万余元，超出部分需由责任人自行承担；
     
   • 免责条款触发：如副班存在逃逸、故意制造事故等行为，保险公司可能拒赔；
     
   • 非医保用药剔除：部分医疗费用若不在医保范围内，保险公司可能不予赔付。
     此时，剩余费用需由责任方（主班或副班）按过错比例分担。

3. 雇主责任或表见代理
   若主班与副班存在雇佣关系（如主班为雇主，副班为雇员），根据《民法典》第1192条，雇员在执行工作任务时造成他人损害的，由雇主承担侵权责任。但若副班存在重大过失或故意，雇主可向其追偿。
   若副班行为构成表见代理（如主班允许副班以其名义从事活动），主班可能需对外承担责任，再向副班追偿。

4. 共同侵权或连带责任
   若主班与副班共同实施侵权行为（如主班指使副班超速驾驶），根据《民法典》第1168条，二人需承担连带责任，受害方可要求任一方赔偿全部损失，后再由责任方内部追偿。

建议行动：

1. 核查事故责任认定书，明确副班与主班的过错比例；
   
2. 审查保险合同条款，确认保险公司拒赔或部分赔付的合法性；
   
3. 若主班无过错，可向副班追偿；若存在雇佣关系，需评估追偿可行性；
   
4. 协商不成时，通过诉讼明确责任主体及赔偿比例。
   

如有进一步证据或细节（如主班与副班的关系、保险类型等），可提供具体信息以便更精准分析。