员工在工作时间死亡，公司赔偿的金额需根据是否被认定为工伤来确定，具体分为以下两种情况：

一、若被认定为工伤

根据《工伤保险条例》及相关规定，若员工在工作时间和工作岗位上因工作原因死亡，或在工作时间前后在工作场所内从事与工作有关的预备性或者收尾性工作受到事故伤害死亡，以及因履行工作职责受到暴力等意外伤害死亡，均应认定为工伤。此外，在工作时间和工作岗位突发疾病死亡或在48小时之内经抢救无效死亡的，也视同工伤。在此情况下，公司（若已缴纳工伤保险，则由工伤保险基金）需支付以下赔偿：

1. 丧葬补助金：

   • 标准：6个月的统筹地区上年度职工月平均工资。
   • 计算公式：\(丧葬补助金 = 统筹地区上年度职工月平均工资 \times 6\)。
   • 示例：若统筹地区上年度职工月平均工资为8000元，则丧葬补助金为48000元。

2. 供养亲属抚恤金：

   • 标准：按照职工本人工资的一定比例发给由因工死亡职工生前提供主要生活来源、无劳动能力的亲属。具体比例为配偶每月40%，其他亲属每人每月30%，孤寡老人或孤儿在上述基础上增加10%。核定的各供养亲属的抚恤金之和不应高于因工死亡职工生前的工资。
   • 计算公式：
     • 配偶每月供养亲属抚恤金 = \(工亡职工本人工资 \times 40\%\)；
     • 其他亲属每月供养亲属抚恤金 = \(工亡职工本人工资 \times 30\%\)；
     • 孤寡老人或孤儿在此基础上增加10%。
   • 示例：若工亡职工本人工资为10000元，其配偶和一名子女需供养，则配偶每月抚恤金为4000元，子女每月抚恤金为3000元，合计7000元，不超过工亡职工生前工资。

3. 一次性工亡补助金：

   • 标准：上一年度全国城镇居民人均可支配收入的20倍。
   • 计算公式：\(一次性工亡补助金 = 上一年度全国城镇居民人均可支配收入 \times 20\)。
   • 示例：以2024年标准为例，一次性工亡补助金为985660元。

二、若不被认定为工伤

如果员工在工作时间的死亡不被认定为工伤，如因个人疾病（非突发且在48小时内未死亡）导致，公司通常无需承担工伤赔偿责任。但根据地区规定，公司可能需要支付一定的非因工死亡待遇，包括丧葬补助费和一次性救济金等，具体标准因地区而异。例如：

• 丧葬补助费：有的地方规定为职工死亡当月本企业养老保险人均缴费工资的一定月数，如3个月。
• 一次性救济金：以职工死亡当月本企业养老保险人均缴费工资为基数，根据供养直系亲属人数，按一定月数发给，比如供养1人发6个月，供养2人发9个月，供养3人及以上发12个月。

建议与注意事项：

1. 及时申请工伤认定：公司应在事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起30日内提出工伤认定申请。特殊情况可适当延长。若公司未提出，工伤职工或其近亲属、工会组织可在1年内直接提出。
2. 保留证据材料：在处理此类问题时，应确保收集并保留所有必要的证据材料，如医疗记录、工作记录、证人证言等，以便在需要时提供证明。
3. 咨询专业律师：虽然我在这里为你提供了详细的解答，但每个案件都有其独特性，赔偿结果也会因具体情况而有所不同。因此，在实际操作中，若你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。

综上所述，员工在工作时间死亡，公司赔偿的金额需根据是否被认定为工伤来确定。工伤死亡的赔偿遵循工伤保险法规，包括丧葬补助金、供养亲属抚恤金和一次性工亡补助金；非工伤死亡的赔偿则更多依赖于公司的人道主义补偿和地区的相关规定。