结论：原配起诉第三者返还财产，即便第三者有代持协议且为名义上的持有人，同时房产还有房贷未结清，原配仍有可能通过法律途径要求第三者返还财产，但具体结果需结合多种因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、代持协议的法律效力与财产归属
代持协议的性质：代持协议，即实际出资人与名义持有人之间关于房产所有权归属的约定。从法律角度看，代持协议本身并不直接决定房产的最终归属，而是作为双方内部权利义务的约定。若代持协议合法有效，且能够证明实际出资人为原配或其配偶，那么在实际出资人与名义持有人之间，房产的所有权应归属于实际出资人。
对第三者的效力：然而，代持协议对第三者（即本案中的“第三者”）的效力取决于其是否知情以及是否构成善意取得。如果第三者明知房产实际为原配或其配偶所有，仍接受代持并试图占有，那么其可能不构成善意取得，原配有权要求其返还财产。反之，如果第三者确实不知情，且支付了合理对价，可能构成善意取得，此时原配要求返还财产的难度会增大。
二、房贷未结清的影响
房贷与房产所有权：房贷未结清并不影响房产所有权的归属，但会影响房产的处置和过户。在房贷未结清的情况下，房产可能仍处于抵押状态，无法直接过户给原配或进行其他处置。
返还财产的实现方式：如果法院最终判决第三者返还财产，但房产仍有房贷未结清，那么在实际操作中，可能需要先结清房贷，解除抵押后，才能进行房产的过户或处置。这可能需要原配、其配偶和第三者之间进行协商，或者通过法院强制执行程序来实现。
三、法律程序与证据收集
起诉与举证：原配要起诉第三者返还财产，需要向法院提起诉讼，并提供充分的证据证明房产的实际出资人、代持协议的存在以及第三者的非善意取得等事实。这可能需要收集银行转账记录、代持协议、证人证言等证据。
法院判决与执行：法院在审理案件时，会综合考虑双方提供的证据和法律规定，作出公正判决。如果判决第三者返还财产，但第三者拒不履行，原配可以申请法院强制执行，通过查封、拍卖等手段实现财产的返还。
四、特殊情况与风险提示
第三者抗辩：第三者可能会提出各种抗辩理由，如代持协议无效、自己不知情、已支付合理对价等。原配需要针对这些抗辩理由进行充分准备和反驳。
法律风险：在诉讼过程中，原配需要注意法律风险，如诉讼时效、证据收集、法律适用等问题。如果处理不当，可能会导致诉讼失败或无法完全实现自己的权益。
建议：针对您的情况，我建议您首先收集充分的证据，包括银行转账记录、代持协议、证人证言等，以证明房产的实际出资人和您的权益。然后，您可以向法院提起诉讼，要求第三者返还财产。在诉讼过程中，您可以寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分保障。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。