该行为是否合法不能一概而论，需分情况讨论：

1. 若合同有明确约定且无其他违法情形，一般不合法
   总公司与相对方签订的合同中若明确约定“车辆必须过户至母公司”，则实际过户至分公司的行为构成违约。根据《民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或履行不符合约定的，应承担继续履行、赔偿损失等违约责任。此时相对方有权要求按合同约定过户至母公司，或主张违约赔偿。
   例外情形：若合同中存在“可变更履行主体”的条款（如“经双方协商一致可过户至母公司或其指定子公司”），且分公司属于母公司指定范围，则可能合法。但需注意，此类条款需明确约定且双方达成合意，否则仍构成违约。

2. 若合同未明确约定过户主体，需结合交易目的判断
   若合同仅约定“车辆需过户至母公司体系内企业”，未明确具体主体，则过户至分公司可能不违法。此时需审查交易目的：

   • 若过户至分公司能实现合同核心目的（如车辆使用、权属转移等），且未损害相对方利益，法院可能认定行为有效；
     
   • 若相对方明确反对（如因分公司资信不足、税务筹划等），则可能构成违约，需承担相应责任。

3. 若涉及税务、行政许可等特殊规定，需单独审查
   车辆过户可能涉及购置税、增值税等税务问题，或需满足特定行政许可条件（如营运车辆资质）。若分公司不具备相关资质或未履行税务申报义务，即使合同未禁止过户至分公司，也可能因违反《税收征收管理法》《道路运输条例》等法规而面临行政处罚，此时行为合法性需结合具体规定综合判断。

建议：

• 立即审查合同条款，明确过户主体的约定及违约责任；
  
• 评估分公司是否具备接收车辆的法律资质及税务合规性；
  
• 若已过户且相对方提出异议，建议协商补充协议或通过法律途径解决争议。
  

如有进一步细节（如合同具体条款、分公司资质等），可向我补充说明，我会为您详细分析。