进修赔偿款是否包含工资奖金，需根据具体情况判断，一般而言，若进修赔偿款是基于劳动合同或相关协议约定，且明确包含了工资奖金部分，则是合法的；若没有明确约定或约定不合法，则可能不合法。以下从不同角度进行分析：
一、基于劳动合同或相关协议的约定
合法情况：
- 如果员工与企业之间签订的劳动合同或进修协议中明确约定了进修期间或进修后的赔偿条款，并且这些条款中明确包含了工资奖金作为赔偿的一部分，那么这种约定是合法的。因为劳动合同或协议是双方自愿达成的，只要不违反法律法规的强制性规定，就具有法律效力。
- 例如，协议中可能规定，如果员工在进修后未按照约定回到企业工作，需要支付一定数额的赔偿金，其中就包括了进修期间的工资奖金。这种情况下，进修赔偿款包含工资奖金是合法的。
不合法情况：
- 如果劳动合同或进修协议中没有明确约定进修赔偿款包含工资奖金，或者约定的赔偿条款违反了法律法规的强制性规定（如赔偿金额过高、赔偿条件不合理等），那么这种约定可能是不合法的。
- 例如，如果协议中规定员工无论何种原因离职都需要支付高额的赔偿金，且这部分赔偿金包括了工资奖金，而实际上员工并没有违反任何合同义务或法律法规，那么这种约定就可能被视为不合法。
二、基于法律法规的规定
合法依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，劳动合同或协议中的条款应当遵循公平、公正、合理的原则。如果进修赔偿款包含工资奖金的约定符合这些原则，并且没有违反法律法规的强制性规定，那么这种约定就是合法的。
违法风险：
- 如果进修赔偿款包含工资奖金的约定违反了法律法规的强制性规定，如赔偿金额过高导致员工负担过重、赔偿条件不合理等，那么这种约定可能被视为无效或部分无效。在这种情况下，员工有权拒绝支付不合理的赔偿金，并可能通过法律途径维护自己的合法权益。
三、实际操作建议
审查合同或协议：
- 在签订进修协议或劳动合同前，员工应仔细审查其中的赔偿条款，确保自己了解并同意其中的内容。如果发现条款存在不合理或违法的情况，应及时与企业沟通并寻求修改。
咨询专业律师：
- 如果员工对进修赔偿款是否包含工资奖金的合法性存在疑问，或者认为自己可能面临不合理的赔偿要求，可以咨询专业律师以获取法律意见和帮助。虽然这里我作为吴育林律师已经给出了一些分析，但具体案件仍需具体分析，我的意见仅供参考。
保留证据：
- 在进修期间或进修后，员工应保留好与进修相关的所有证据，如进修协议、劳动合同、工资单、奖金发放记录等。这些证据在后续可能发生的纠纷中将起到关键作用。
总结来说，进修赔偿款是否包含工资奖金的合法性取决于劳动合同或相关协议的约定以及法律法规的规定。员工在签订相关协议前应仔细审查条款内容，并在必要时咨询专业律师以获取法律意见和帮助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。