针对质疑函中引用了来源不合法的被质疑人投标文件具体内容的情况，回复时应采取以下策略：

1. 明确质疑的非法性：

   • 在回复函的开头部分，直接指出质疑函中引用的被质疑人投标文件内容来源不合法，这违反了招标活动的公平、公正和透明原则。强调任何质疑都应基于合法获取的信息，否则质疑本身将失去合法性和有效性。

2. 提供合法证据反驳质疑：

   • 针对质疑函中的具体质疑点，提供合法、有效的证据来反驳。这些证据可以是招标文件、评标报告、中标通知书等官方文件，也可以是现场监控录像、录音等能够证明招标过程合法合规的辅助材料。
   • 强调被质疑人的投标文件内容在招标过程中是保密的，质疑人无法通过合法途径获取，因此其质疑缺乏事实依据。

3. 解释招标程序与保密要求：

   • 详细解释招标程序的各个环节，特别是关于投标文件保密性的要求。说明在招标过程中，投标文件的内容是严格保密的，只有评标委员会成员在评标过程中才能接触和审阅。
   • 强调质疑人通过非法手段获取投标文件内容，不仅违反了招标程序，也可能触犯了相关法律法规。

4. 维护招标活动的公正性：

   • 表明招标人将坚决维护招标活动的公正性，对于任何非法质疑或干扰招标活动的行为，都将依法追究责任。
   • 强调招标人将严格按照法律法规和招标文件的规定，处理质疑事项，确保招标结果的合法性和有效性。

5. 告知后续处理流程：

   • 如果质疑人坚持其质疑，并可能采取进一步行动（如投诉、诉讼等），应在回复函中明确告知后续处理流程。包括质疑人可以向哪些部门投诉、投诉的时限、需要提交的材料等。
   • 同时，也可以表明招标人将积极配合相关部门的调查和处理工作，以维护招标活动的公正性和合法性。

6. 示例回复模板（部分）：

   • “关于贵方质疑函中提及的被质疑人投标文件内容，我方注意到该内容来源不合法，违反了招标活动的保密原则。我方在此明确指出，任何质疑都应基于合法获取的信息，否则质疑本身将失去合法性和有效性。针对贵方提出的质疑点，我方已准备了合法、有效的证据来反驳，并将在后续处理中提供详细说明。同时，我方将坚决维护招标活动的公正性，对于任何非法质疑或干扰招标活动的行为，都将依法追究责任。”

在回复过程中，还需注意以下几点：

• 保持专业性和客观性：回复函应使用专业、客观的语言，避免情绪化或攻击性的言辞。
• 确保回复的及时性：根据相关法律法规和招标文件的规定，及时回复质疑函，避免延误处理时机。
• 保护商业秘密和个人隐私：在回复过程中，严格保护商业秘密和个人隐私，避免泄露敏感信息。

如有任何进一步的问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。