在回复招标质疑函时，主要依据的法律法规及规范性文件包括以下几个方面，这些法律依据共同构成了回复招标质疑函的合法框架：

一、主要法律依据

1. 《中华人民共和国招标投标法》

   • 第六十五条：投标人和其他利害关系人认为招标投标活动不符合本法有关规定的，有权向招标人提出异议或者依法向有关行政监督部门投诉。这一条款赋予了投标人和其他利害关系人对招标投标活动提出异议和投诉的权利，是回复招标质疑函的重要法律依据。

2. 《中华人民共和国招标投标法实施条例》

   • 第五十四条：投标人或者其他利害关系人对依法必须进行招标的项目的评标结果有异议的，应当在中标候选人公示期间提出。招标人应当自收到异议之日起3日内作出答复；作出答复前，应当暂停招标投标活动。这一条款明确了异议提出的时限、招标人的答复义务以及答复前的暂停招标投标活动要求。
   • 第六十条：投标人或者其他利害关系人认为招标投标活动不符合法律、行政法规规定的，可以自知道或者应当知道之日起10日内向有关行政监督部门投诉。这一条款规定了投诉的提出时限和受理部门。

3. 《政府采购质疑和投诉办法》（财政部令第94号）

   • 第十二条：供应商提出质疑应当提交质疑函和必要的证明材料。质疑函应当包括下列内容：（一）供应商的姓名或者名称、地址、邮编、联系人及联系电话；（二）质疑项目的名称、编号；（三）具体、明确的质疑事项和与质疑事项相关的请求；（四）事实依据；（五）必要的法律依据；（六）提出质疑的日期。这一条款详细规定了质疑函的内容和格式要求。
   • 第十六条：采购人、采购代理机构认为供应商质疑不成立，或者成立但未对中标、成交结果构成影响的，继续开展采购活动；认为供应商质疑成立且影响或者可能影响中标、成交结果的，按照下列情况处理：（一）对采购文件提出的质疑，依法通过澄清或者修改可以继续开展采购活动的，澄清或者修改采购文件后继续开展采购活动；否则应当修改采购文件后重新开展采购活动。（二）对采购过程、中标或者成交结果提出的质疑，合格供应商符合法定数量时，可以从合格的中标或者成交候选人中另行确定中标、成交供应商的，应当依法另行确定中标、成交供应商；否则应当重新开展采购活动。这一条款明确了质疑成立后的处理方式和程序。

二、回复招标质疑函时的注意事项

1. 及时性：根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第五十四条的规定，招标人应在收到异议之日起3日内作出答复。因此，在回复招标质疑函时，应确保答复的及时性，避免延误。

2. 准确性：答复内容应准确、明确，针对质疑事项进行逐一回应，并提供充分的事实和法律依据。避免模糊其辞或回避问题，以免引发进一步的争议。

3. 全面性：答复应涵盖质疑函中的所有事项，确保没有遗漏。对于复杂或涉及多个方面的质疑，应进行分类回应，确保答复的全面性和条理性。

4. 合规性：在回复过程中，应严格遵守相关法律法规和招标文件的规定，确保答复的合规性。避免违反法律法规或招标文件的要求，以免引发法律风险。

三、回复招标质疑函的示例内容

在回复招标质疑函时，可以按照以下结构进行撰写：

1. 确认收悉：首先确认收到质疑函，并表达对质疑事项的重视。

2. 逐一回应：针对质疑函中的每个事项进行逐一回应，明确表明态度，并提供充分的事实和法律依据。

3. 政策解释：对于招标文件或采购政策的误解进行详细解释，消除疑惑。

4. 表达合作意愿：展现与质疑单位合作的诚意，欢迎其继续参与后续采购活动。

5. 告知投诉权利：明确告知质疑单位依法投诉的权利及途径。

示例：

“尊敬的[质疑单位名称]：

我方已收悉贵单位于[收到日期]提交的关于[项目名称]的质疑函。针对函中提及的事项，我方进行了认真调查和核实，现就有关问题答复如下：

一、关于[质疑事项1]的答复：

经调查，我方认为[具体答复内容，包括事实依据和法律依据]。

二、关于[质疑事项2]的答复：

针对贵单位提出的[质疑事项2]，我方[具体答复内容，包括事实依据和法律依据]。

…

我方始终秉持公平、公正、透明的原则开展招标活动，并愿意与贵单位保持良好沟通与合作。如贵单位对本次答复仍有异议，可依法向有关行政监督部门投诉。

特此答复。

[招标人名称] [答复日期]”

在回复招标质疑函时，务必确保答复内容严谨、专业、具有针对性，并严格遵循相关法律法规及招标程序。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。