当派遣单位与用工单位结束合作时，确实需要遵循一定的手续和流程，以确保双方的权益得到妥善处理，同时保障被派遣劳动者的合法权益。以下是一个清晰、详细且具有深度的解答：
一、派遣单位与用工单位结束合作的基本手续
协商与通知：
- 派遣单位与用工单位应首先进行协商，就结束合作的具体事宜达成一致意见。
- 双方应提前通知对方，并明确结束合作的时间、方式以及后续处理事项。
处理被派遣劳动者的劳动关系：
- 派遣单位需与被派遣劳动者进行沟通，告知他们合作结束的情况，并按照《劳动合同法》的相关规定处理劳动关系。
- 如果被派遣劳动者选择继续留在用工单位工作，派遣单位应与用工单位协商，确保劳动者的权益不受损害，并协助办理相关手续。
- 如果被派遣劳动者选择离开，派遣单位应依法支付经济补偿（如适用），并办理离职手续，包括结算工资、社会保险等。
结算费用与清理债权债务：
- 派遣单位与用工单位应就合作期间产生的费用进行结算，包括派遣费用、管理费用等。
- 双方应清理债权债务，确保无遗留问题。
办理相关行政许可注销手续（如适用）：
- 如果派遣单位持有《劳务派遣经营许可证》，且该许可证因合作结束而不再需要，派遣单位应向许可机关申请注销该许可证。
- 注销时，派遣单位需提交已经依法处理与被派遣劳动者的劳动关系及其社会保险权益等材料，以便许可机关核实并办理注销手续。
二、特殊情况下的处理
被派遣劳动者退回派遣单位：
- 如果用工单位因特定原因（如劳动者不符合录用条件、严重违反规章制度等）将被派遣劳动者退回派遣单位，派遣单位应依法处理与劳动者的劳动关系。
- 派遣单位可以与劳动者协商解除劳动合同，或者根据《劳动合同法》的相关规定依法解除劳动合同。
合作结束后的争议解决：
- 如果派遣单位与用工单位在合作结束过程中产生争议，双方应首先通过协商解决。
- 如果协商不成，双方可以依法申请劳动争议仲裁或者提起诉讼。
三、建议与注意事项
提前规划与沟通：
- 派遣单位与用工单位应提前规划合作结束的事宜，并保持密切沟通，以确保合作结束的顺利进行。
遵守法律法规：
- 双方在处理合作结束事宜时，应严格遵守《劳动合同法》、《劳务派遣行政许可实施办法》等相关法律法规的规定。
保障劳动者权益：
- 派遣单位与用工单位应共同保障被派遣劳动者的合法权益，避免因合作结束而给劳动者带来不必要的损失。
综上所述，派遣单位与用工单位结束合作需要遵循一系列手续和流程，包括协商与通知、处理被派遣劳动者的劳动关系、结算费用与清理债权债务以及办理相关行政许可注销手续等。同时，双方应遵守法律法规，保障劳动者的合法权益。