厂房转让协议中约定实物交割在过户后三年内是合法的，但具体是否合法有效还需考虑协议的具体内容和相关法律法规。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同自由原则：

   • 根据《中华人民共和国合同法》（虽已被《民法典》替代，但原理相同），当事人有订立合同的自由，包括约定合同的履行期限、方式等。因此，厂房转让协议中约定实物交割在过户后三年内，只要双方意思表示真实，不违反法律、行政法规的强制性规定，就是合法的。

2. 履行期限的合理性：

   • 实物交割在过户后三年内这一约定，需要考察其是否合理。如果这一约定是基于双方的实际需要，如买方需要时间来筹集资金、卖方需要时间来腾空厂房等，那么这一约定就是合理的，也是合法的。

3. 相关法律法规的约束：

   • 在厂房转让过程中，还需要遵守相关的法律法规，如《中华人民共和国城市房地产管理法》、《中华人民共和国土地管理法》等。这些法律法规可能对厂房的转让、过户等有一定的规定，但一般不会对实物交割的具体时间做出限制。因此，只要厂房转让协议的内容不违反这些法律法规的强制性规定，约定实物交割在过户后三年内就是合法的。

4. 可能的风险与注意事项：

   • 虽然约定实物交割在过户后三年内是合法的，但双方仍应谨慎考虑这一约定的风险。例如，如果买方在过户后长时间不接收实物，可能会给卖方带来额外的保管费用和风险；如果卖方在过户后长时间不交付实物，可能会构成违约，需要承担违约责任。
   • 因此，双方在签订厂房转让协议时，应明确约定实物交割的具体时间、方式、地点等，并考虑可能的风险和应对措施。

综上所述，厂房转让协议中约定实物交割在过户后三年内是合法的，但双方应谨慎考虑并明确约定相关条款，以避免可能的风险和纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。