房子先协议公证，三年后再过户是合法的，但需满足一定条件并注意潜在风险。以下从不同角度进行详细分析：
合法性分析
协议公证的效力：
- 协议公证是公证机构根据当事人的申请，依照法定程序对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。经过公证的协议，其法律效力通常高于未经公证的协议，因为公证机构对协议内容进行了审查，并确认了双方当事人的真实意愿。
- 在房屋买卖中，双方可以签订买卖协议并进行公证，以证明协议的真实性和合法性。这种公证并不直接导致房屋所有权的转移，但为后续的过户手续提供了有力的法律证据。
过户时间的约定：
- 双方可以在协议中约定过户的时间，这是民事法律行为中意思自治原则的体现。只要双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，该约定就是有效的。
- 因此，双方约定三年后再过户，并不违反法律规定，只要该约定是双方真实意愿的表示，且没有损害国家、集体或第三人的利益。
潜在风险及防范措施
一方违约风险：
- 在过户前，如果一方反悔或违约，另一方可能面临无法及时取得房屋所有权或无法收回已支付款项的风险。
- 防范措施：在协议中明确约定违约责任和赔偿方式，如违约金、赔偿损失等。同时，可以考虑将部分款项作为定金或押金，以增加违约成本。
房屋被查封或抵押风险：
- 在过户前，如果房屋因卖方的原因被查封或抵押，买方可能无法顺利取得房屋所有权。
- 防范措施：在协议公证前，对房屋的权属状况进行充分调查，确保房屋没有权属纠纷或被查封、抵押等情况。同时，可以在协议中约定卖方在过户前必须解除房屋上的所有负担，否则应承担违约责任。
政策变化风险：
- 房屋买卖政策可能因时间、地区等因素而发生变化，如限购、限贷等政策的出台可能影响房屋的过户和买卖。
- 防范措施：在协议中约定政策变化时的处理方式，如双方协商调整过户时间、价格等，或解除协议并承担相应责任。同时，关注政策动态，及时调整买卖策略。
实际操作建议
完善协议内容：
- 在协议中详细约定房屋的基本情况（如地址、面积、产权证号等）、买卖价格、付款方式、过户时间、违约责任等条款，确保协议内容完整、明确、无歧义。
及时办理过户手续：
- 虽然双方约定了三年后再过户，但在此期间应密切关注房屋权属状况和政策变化，一旦条件成熟或出现风险迹象，应及时办理过户手续以保障自身权益。
寻求专业法律帮助：
- 在房屋买卖过程中，涉及的法律问题复杂多变，建议双方在签订协议前咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。同时，在履行协议过程中遇到问题时也应及时寻求法律帮助。
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