公司秋后算账的处罚扣款是否违法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法性判断的核心要素
公司规章制度：
- 合法性前提：公司规章制度必须合法有效，即内容不违反法律法规的强制性规定，且制定程序合法（如经过民主程序、公示等）。
- 处罚依据：若公司规章制度中明确规定了某种行为将受到处罚（包括扣款），且该规定合法，则公司有权依据规章制度进行处罚。
处罚的合理性：
- 比例原则：处罚应与违规行为的性质、情节及后果相适应，不得过度处罚。例如，员工轻微迟到一次，公司却扣发其当月全部奖金，这种处罚可能被视为不合理。
- 证据充分性：公司需提供充分证据证明员工存在违规行为，否则处罚可能缺乏依据。
法律法规的强制性规定：
- 最低工资标准：公司处罚扣款不得导致员工工资低于当地最低工资标准。
- 工资支付规定：根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，公司不得随意克扣员工工资，除非因员工本人原因给公司造成经济损失，且公司需按照劳动合同约定或依法制定的规章制度进行赔偿。
二、常见违法情形
无规章制度依据的处罚：
- 若公司未制定相关规章制度，或规章制度中未规定某种行为的处罚措施，则公司无权对该行为进行处罚扣款。
过度处罚：
- 如前所述，处罚应与违规行为相适应。若公司处罚过重，可能被视为违法。
违反法律法规强制性规定的处罚：
- 如公司处罚扣款导致员工工资低于最低工资标准，或违反工资支付规定等，均属违法。
三、员工应对措施
核实公司规章制度：
- 员工应首先核实公司是否有相关规章制度，以及该制度是否合法有效。
收集证据：
- 若员工认为公司处罚不合理或违法，应收集相关证据（如工资条、处罚通知、规章制度等）以支持自己的主张。
寻求法律援助：
- 员工可向当地劳动监察部门投诉，或寻求专业律师的帮助，以维护自己的合法权益。
四、公司注意事项
完善规章制度：
- 公司应制定合法有效的规章制度，并明确规定各种违规行为的处罚措施。
合理处罚：
- 公司在处罚员工时，应遵循比例原则，确保处罚与违规行为相适应。
遵守法律法规：
- 公司应严格遵守相关法律法规的强制性规定，不得随意克扣员工工资或进行其他违法处罚。
总结来说，公司秋后算账的处罚扣款是否违法，需根据具体情况判断。若公司规章制度合法有效、处罚合理且符合法律法规的强制性规定，则处罚扣款可能合法；反之，则可能违法。员工在面对公司处罚时，应核实公司规章制度、收集证据并寻求法律援助；公司则应完善规章制度、合理处罚并遵守法律法规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。