公司罚款分期扣算是否违法需分情况讨论，具体分析如下：

1. 公司无权直接罚款，分期扣算亦违法
   根据《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》，公司并非行政机关或司法机关，不具有罚款权。若公司以“罚款”名义直接扣除员工工资（包括分期扣除），无论金额大小或分期方式如何，均属于违法行为。员工有权要求公司全额返还被扣款项，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 若为“损失赔偿”且符合法定条件，分期扣算可能合法
   若员工因故意或重大过失给公司造成经济损失，公司可依据《工资支付暂行规定》第16条，要求员工赔偿损失。但需满足以下条件：

   • 赔偿金额限制：每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准；
     
   • 程序合法性：公司需举证员工存在过错及损失金额，并与员工协商一致或通过劳动仲裁/诉讼确定赔偿方案；
     
   • 分期合理性：若双方约定分期赔偿，需明确分期期限、金额及违约责任，且不得违反上述工资扣除比例限制。
     若公司未满足上述条件，即使以“损失赔偿”名义分期扣款，仍可能被认定为违法。

3. 特殊情形：公司规章制度合法有效的前提下
   若公司通过民主程序制定规章制度（如员工手册），明确规定特定情形下的罚款或损失赔偿规则，且内容不违反法律强制性规定（如罚款金额合理、程序透明），则可能被认定为有效。但实践中，此类规章制度极易因“侵犯劳动者权益”被认定无效，建议谨慎依赖。

建议行动：

• 若公司已实施违法扣款，员工可先与公司协商要求返还，协商不成可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁；
  
• 若公司主张“损失赔偿”，员工可要求公司出具损失证明及赔偿计算依据，并核对是否符合工资扣除比例限制；
  
• 无论何种情形，均建议保留工资条、扣款通知、劳动合同等证据，以维护自身权益。
  

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