政府采购工程项目超过合同价的处理方式需根据具体情形确定，主要分为以下两种情况，法律依据及处理路径如下：

1. 因工程量变更或设计调整导致超合同价

处理原则：若因招标文件、设计图纸未明确或实际施工需要调整工程量（如地质条件变化、政策要求变更等），属于合同履行中的正常变更，需按法定程序调整合同价款。
法律依据：

• 《政府采购法》第49条：政府采购合同履行中，采购人需追加与合同标的相同的货物、工程或服务，且金额未超过原合同价10%的，可与供应商协商签订补充合同，但补充合同采购金额不得超过原合同金额10%。
  
• 《民法典》第510条、第511条：合同生效后，当事人就质量、价款等未约定或约定不明的，可协议补充；不能达成补充协议的，按合同相关条款或交易习惯确定。
  
• 《建设工程工程量清单计价规范》（GB50500-2013）第9.1.3条：因非承包人原因导致工程量偏差超过15%时，可调整综合单价及措施项目费。
  

操作建议：

• 程序要求：采购人应组织监理单位、施工单位共同确认变更内容，形成书面变更单，并报财政部门备案（若超10%需重新审批）。
  
• 价款调整：按实际完成工程量重新核价，采用原合同约定的计价方式（如固定单价、总价包干等）；若原合同未约定，可参考市场价或定额标准协商确定。
  
• 风险防范：变更前需评估对工期、质量的影响，避免因程序瑕疵导致支付纠纷。
  

2. 因供应商违约或管理不善导致超合同价

处理原则：若超支由供应商自身原因引起（如施工效率低下、材料浪费等），采购人有权拒绝支付超额部分，并可追究供应商违约责任。
法律依据：

• 《政府采购法》第75条：供应商以不合理低价中标后恶意涨价的，中标无效，处采购金额5‰以上10‰以下罚款，列入不良行为记录名单。
  
• 《民法典》第577条：当事人一方不履行合同义务或履行不符合约定的，应承担继续履行、采取补救措施或赔偿损失等违约责任。
  

操作建议：

• 证据固定：采购人需留存施工记录、监理报告、材料消耗单等证据，证明超支与供应商行为直接相关。
  
• 责任划分：若超支部分包含合理变更与违约行为混合，需按比例分摊责任，避免全盘否定供应商权益。
  
• 争议解决：优先通过协商或调解处理；协商不成可申请财政部门投诉或提起民事诉讼。
  

总结：政府采购工程超合同价需区分“合理变更”与“违约超支”，前者按法定程序调整价款，后者由供应商自行承担。实践中建议采购人在合同中明确变更审批流程、价款调整规则及违约责任条款，以降低法律风险。如有具体案例或合同条款需分析，可进一步向我咨询。