结论：债权人起诉与其有合同关系的公司时，一般不可以直接向该公司的母公司主张权利，但在特定情况下，如存在法人人格否认、母公司承诺担保等情形，债权人可能可以向母公司主张权利。以下是对此问题的详细分析：
一、一般原则：合同相对性
在合同法中，合同相对性是一个基本原则，即合同关系只能发生在特定的合同当事人之间，只有合同当事人一方能够向合同的另一方当事人基于合同提出请求或提起诉讼。因此，在一般情况下，债权人只能向与其有合同关系的公司主张权利，而不能直接向该公司的母公司主张权利。
二、例外情形
尽管合同相对性是基本原则，但在某些特定情况下，债权人可能可以向母公司主张权利。这些例外情形主要包括：
法人人格否认：
- 法律依据：根据《公司法》第二十条第三款的规定，公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。
- 应用场景：如果母公司作为子公司的股东，滥用子公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害债权人利益的，债权人可以主张法人人格否认，要求母公司对子公司的债务承担连带责任。
- 举证责任：债权人需要举证证明母公司存在滥用行为，如母公司与子公司之间财产混同、业务混同、人员混同等，以及这些行为导致了债权人利益的严重损害。
母公司承诺担保：
- 法律依据：如果母公司明确承诺为子公司的债务提供担保，那么债权人可以依据担保合同向母公司主张权利。
- 应用场景：在合同签订或履行过程中，母公司可能以书面或口头形式承诺为子公司的债务提供担保。如果债权人能够证明这一承诺的存在，那么就可以向母公司主张权利。
- 举证责任：债权人需要举证证明母公司确实作出了担保承诺，如提供担保合同、母公司出具的担保函等书面证据。
其他特殊情形：
- 除了上述两种情形外，还可能存在其他特殊情形使得债权人可以向母公司主张权利，如母公司直接参与子公司的经营管理并导致债权人利益受损等。但这些情形通常较为复杂且难以证明，需要具体案件具体分析。
三、举证建议
在主张向母公司主张权利时，债权人需要注意以下几点举证建议：
- 收集证据：债权人需要积极收集与案件相关的证据材料，如合同、交易记录、往来函件、担保合同等。这些证据材料将有助于证明债权人与子公司之间的合同关系以及母公司可能存在的责任。
- 专业咨询：由于涉及公司法、合同法等多个法律领域的知识，债权人在主张权利前最好咨询专业律师的意见。律师可以根据案件的具体情况提供针对性的法律建议和举证策略。
- 注意时效：债权人需要注意诉讼时效的问题。根据《民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。因此，债权人需要在诉讼时效期间内提起诉讼或主张权利。
最后，债权人起诉与其有合同关系的公司时，在一般情况下不能直接向该公司的母公司主张权利。但在存在法人人格否认、母公司承诺担保等特定情形下，债权人可能可以向母公司主张权利。如果你在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。