结论：关于您提到的“父亲独自盖的房子，分房不公，有失公平，且三儿子当时未成年，协议是否有效”的问题，这主要取决于协议的具体内容、签订时的法律环境以及各方的真实意愿等多个因素。以下是我从不同角度为您进行的分析：

1. 协议的有效性基础：

   • 民事行为能力：首先，需要确认签订分房协议时，所有参与方的民事行为能力。如果三儿子当时未成年，那么他签订协议的行为能力可能受到限制。一般来说，未成年人的民事行为需要由其法定代理人（如父母）代为进行，或者得到法定代理人的同意或追认。如果三儿子在签订协议时未得到其法定代理人的同意或追认，且该协议涉及他的重大利益，那么该部分协议内容可能无效。
   • 真实意愿：协议必须是各方真实意愿的表示，不能存在欺诈、胁迫等情形。如果协议是在不公平、不公正的环境下签订的，或者存在其他影响各方真实意愿的因素，那么协议的有效性可能会受到质疑。

2. 分房协议的公平性：

   • 公平原则：在民事法律关系中，公平原则是一个重要的基本原则。如果分房协议明显不公平，例如，对某个子女的分配明显少于其他子女，且没有合理的解释或依据，那么该协议可能会因为违反公平原则而被认定为无效或可撤销。
   • 证据收集：要证明分房协议不公平，需要收集相关证据，如家庭财产状况、各子女的贡献情况、协议签订时的环境等。这些证据将有助于法院或仲裁机构判断协议的公平性。

3. 法律后果与救济途径：

   • 无效或可撤销协议：如果分房协议被认定为无效或可撤销，那么各子女之间的财产分配将可能恢复到协议签订前的状态，或者按照法律规定的原则进行重新分配。
   • 诉讼或仲裁：如果各方对分房协议的有效性或公平性存在争议，可以通过诉讼或仲裁的方式解决。在诉讼或仲裁过程中，各方需要提交相关证据，以支持自己的主张。

4. 具体建议：

   • 审查协议：首先，建议您仔细审查分房协议的具体内容，包括签订时间、参与方、分配方案等，以判断协议是否存在无效或可撤销的情形。
   • 收集证据：如果认为协议不公平或存在其他问题，建议您尽快收集相关证据，如家庭财产证明、各子女的贡献证明、协议签订时的环境证明等。
   • 咨询专业律师：由于涉及复杂的法律问题和家庭关系，建议您咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。我可以根据您的具体情况，为您提供详细的法律分析和建议。

进一步思考：在处理此类家庭财产纠纷时，除了考虑法律因素外，还需要考虑家庭关系、情感因素等。因此，在解决纠纷的过程中，建议您保持冷静、理性，尽量通过协商、调解等方式解决争议，以维护家庭和谐。如果确实无法协商解决，再考虑通过法律途径解决。