结论：该协议对儿子是否有效，取决于儿子是否知情并同意该房款分配方式，以及该协议是否损害了儿子的合法权益。若儿子不知情或不同意，且其合法权益受到损害，则该协议对儿子无效；反之，若儿子知情并同意，或虽不知情但未损害其合法权益，则该协议对儿子有效。以下从不同角度进行分析：
一、协议有效的情形
儿子知情并同意：
- 如果儿子在房屋出售前或出售过程中，明确知晓并同意房款全部由父亲收取，且双方对此有明确的书面或口头约定，那么该协议对儿子是有效的。
- 在这种情况下，儿子已经放弃了其应得的房款份额，或者与父亲达成了其他形式的财产分配协议，因此该协议不会损害儿子的合法权益。
虽不知情但未损害合法权益：
- 如果儿子在房屋出售时并不知情，但事后得知后并未提出异议，且该协议并未损害其合法权益（例如，父亲已经以其他方式补偿了儿子应得的份额），那么该协议在事实上可能被视为对儿子有效。
- 然而，这种情况下的有效性更多是基于儿子的默示同意或事后追认，而非协议本身的直接效力。
二、协议无效的情形
儿子不知情且不同意：
- 如果儿子在房屋出售时并不知情，且事后得知后明确表示不同意房款全部由父亲收取，那么该协议对儿子是无效的。
- 在这种情况下，儿子有权要求父亲返还其应得的房款份额，或者通过法律途径维护自己的合法权益。
协议损害儿子合法权益：
- 无论儿子是否知情或同意，如果该协议明显损害了儿子的合法权益（例如，父亲将房款用于个人挥霍或非法活动，导致儿子无法获得其应得的份额），那么该协议对儿子是无效的。
- 在这种情况下，儿子有权要求撤销该协议，并要求父亲承担相应的法律责任。
三、法律建议
明确约定：
- 在出售共有房屋时，父子双方应明确约定房款的分配方式，并签订书面协议。这样可以避免后续因房款分配问题产生纠纷。
保留证据：
- 无论双方是否签订书面协议，都应保留好与房屋出售和房款分配相关的所有证据（如聊天记录、转账记录、证人证言等）。这些证据在后续纠纷解决中可能起到关键作用。
及时咨询：
- 如果双方对房款分配问题存在争议或不确定如何处理，应及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律建议和解决方案，帮助双方维护自己的合法权益。
进一步思考：在实际操作中，父子共有房屋的出售和房款分配问题可能涉及复杂的法律关系和利益纠葛。因此，在处理这类问题时，除了考虑法律因素外，还应充分考虑家庭关系、道德伦理等因素，以寻求更加合理和妥善的解决方案。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。